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xida-hg

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[求助] 二面角掃描問(wèn)題已有1人參與

各位蟲(chóng)友們大家好，我想做一個(gè)二面角掃描的勢(shì)能面，二面角是分子中的5,21,7,22，誰(shuí)能幫我搞定一下輸入文件？謝謝，必有重謝。文件在http://pan.baidu.com/s/1cmsblO

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勢(shì)能面掃描出現(xiàn)錯(cuò)誤，求幫助已經(jīng)有3人回復(fù)

1樓 2017-01-15 22:27:20

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引用回帖:

6樓: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 20:33:33
可是我要掃描的是N5-C21-N7-C22啊，這個(gè)是嗎?如果是，那怎么確定D1和N5-C21-N7-C22二面角是一樣的？謝謝...

是的，只不過(guò)我把原子序號(hào)做了改動(dòng)。你要的是5-21-7-22，就是連接兩個(gè)苯環(huán)的四個(gè)原子，我給改成5-18-19-20了。你想檢查的話可以右鍵view》Builder，然后選擇Builder中的右下角的那個(gè)圖標(biāo)，它可以顯示所有的原子序號(hào)。

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7樓2017-01-17 20:56:11

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【答案】應(yīng)助回帖

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感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
xida-hg: 金幣+200, ★★★很有幫助, 謝謝，我試一下 2017-01-17 15:47:18

%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check  NoSymm

0416 scan

0 1
S
F                1          B1
F                2          B2 1          A1
F                1          B3 2          A2 3          D1 0
N                1          B4 2          A3 3          D2 0
H                5          B5 1          A4 2          D3 0
N                5          B6 1          A5 6          D4 0
H                7          B7 5          A6 1          D5 0
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C                11          B11 10          A10 5          D9 0
H                12          B12 11          A11 10          D10 0
C                12          B13 11          A12 10          D11 0
H                14          B14 12          A13 11          D12 0
C                14          B15 12          A14 11          D13 0
C                16          B16 14          A15 12          D14 0
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C                9          B21 7          A20 5          D19 0
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C                23          B23 22          A22 9          D21 0
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H                26          B26 24          A25 23          D24 0
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C                28          B28 26          A27 24          D26 0
H                29          B29 28          A28 26          D27 0
C                29          B30 28          A29 26          D28 0
H                31          B31 29          A30 28          D29 0
C                28          B32 26          A31 24          D30 0
H                33          B33 28          A32 26          D31 0
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H                33          B35 28          A34 26          D33 0

B1          7.30257801
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D * 21 7 * R
D 5 21 7 22 S 18 20.0000000

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2樓2017-01-16 14:37:16

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那如果我想做一個(gè)剛性的二面角掃描給怎么輸入

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3樓2017-01-17 15:52:35

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2樓: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-16 14:37:16
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=modredundant b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check  NoSymm

0416 scan

0 1
S
F                1          B1
F          ...

那我要做一個(gè)剛性的二面角掃面怎么改輸入文件

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4樓2017-01-17 15:53:24

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4樓: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 15:53:24
那我要做一個(gè)剛性的二面角掃面怎么改輸入文件...

%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=z-matrix b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check nosymm

0416 scan

0 1
S
F                1 7.30257801
F                2 2.17169815 1 90.72798872
F                1 7.99439459 2 15.52914033 3 59.46882949 0
N                1 2.73715950 2 59.82027966 3 54.16607626 0
H                5 1.02523186 1  140.74679581 2  174.32487400 0
C                5 5.70308328 1  108.49158442 6 -179.17695941 0
C                7 1.50107032 5 2.13466556 1 49.45935577 0
C                8 1.39705216 7  119.90127602 5 48.68087177 0
H                9 1.08268067 8  120.25514799 7 3.02190930 0
C                9 1.38418665 8  119.90776147 7 -177.45539137 0
H                11 1.08472835 9  119.65115008 8 -179.74498482 0
C                11 1.40624352 9  120.78928631 8 0.10352364 0
C                13 1.39968005 11  119.18934264 9 -0.04990372 0
H                14 1.07813349 13  120.08618347 11 -179.71398321 0
C                14 1.39192201 13  119.60468024 11 0.09525852 0
H                16 1.08278831 14  119.09295426 13 -179.71248170 0
C                5 1.35079916 1 28.02517615 14 -178.88689831 0
N                18 1.40963543 5  113.58314433 1 -179.92958859 0
C                19 1.38346670 18  130.28399647 5    D1 0
O                20 1.22929624 19  122.23688714 18 3.78082499 0
H                21 3.17033000 20  20.424700000 19 4.35025000 0
C                20 1.49105646 19  115.98171785 18 -176.87974084 0
C                23 1.39942245 20  123.85253503 19 20.25490550 0
H                24 1.08458022 23  121.28687000 20 1.45914469 0
C                24 1.39175843 23  120.37123347 20  179.25929674 0
H                26 1.08450036 24  119.26846253 23 -179.34674698 0
C                26 1.39801308 24  121.16547186 23 0.21580544 0
C                28 1.40219844 26  118.06981879 24 -0.63516061 0
H                29 1.08516811 28  119.47853696 26 -179.69417543 0
C                29 1.38667293 28  121.14810355 26 0.15903205 0
H                31 1.08273616 29  120.83300189 28 -179.37175730 0
C                28 1.50742244 26  121.30920393 24  179.61787855 0
H                33 1.09407236 28  111.01679984 26  121.50721752 0
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H                33 1.09426147 28  110.94429284 26 -119.44002781 0
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D1 0.0 S 18 20.000000

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5樓2017-01-17 19:12:14

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5樓: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 19:12:14
%chk=C:\Users\Administrator\Desktop\0416 scan.chk
#p opt=z-matrix b3lyp/6-311++g(d,p) scrf=check nosymm

0416 scan

0 1
S
F                1 7.30257801
F             ...

可是我要掃描的是N5-C21-N7-C22啊，這個(gè)是嗎?如果是，那怎么確定D1和N5-C21-N7-C22二面角是一樣的？謝謝

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6樓2017-01-17 20:33:33

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引用回帖:

7樓: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 20:56:11
是的，只不過(guò)我把原子序號(hào)做了改動(dòng)。你要的是5-21-7-22，就是連接兩個(gè)苯環(huán)的四個(gè)原子，我給改成5-18-19-20了。你想檢查的話可以右鍵view》Builder，然后選擇Builder中的右下角的那個(gè)圖標(biāo)，它可以顯示所有的原子序號(hào) ...

可以教我怎么改嗎

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8樓2017-01-17 21:57:45

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8樓: Originally posted by xida-hg at 2017-01-17 21:57:45
可以教我怎么改嗎...

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9樓2017-01-17 22:31:49

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9樓: Originally posted by ra2ghgzh at 2017-01-17 22:31:49
edit》atom list...

謝謝！

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10樓2017-01-18 09:35:47

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