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關(guān)于用高斯進行二面角扭轉(zhuǎn)勢能的計算 已有1人參與
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目前剛剛接觸高斯，有很多東西不懂 還請大神們多多幫助！想通過高斯得到二面角扭轉(zhuǎn)項的參數(shù) 現(xiàn)有一些問題希望得到大家的指點！ ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 問題一： 改變分子的某個二面角進行勢能面掃描，得到的勢能是整個分子所具有的能量還是二面角扭轉(zhuǎn)能呀 如果不是，那我該怎樣得到二面角扭轉(zhuǎn)能呀？ ———————————————————————————————————————————————————————————————————————————— 問題一： 1.以優(yōu)化后的構(gòu)型（圖1）進行scan 輸入文件如下： %chk=butenal scan4.chk # scan mp2/6-31g(d,p) butenal scan4 0 1 C H 1 B1 H 1 B2 2 A1 H 1 B3 3 A2 2 D1 0 C 1 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 1 A4 3 D3 0 H 6 B6 5 A5 1 D4 0 C 6 B7 5 A6 1 D5 0 H 5 B8 1 A7 6 D6 0 O 8 B9 6 A8 5 D7 0 H 8 B10 6 A9 5 D8 0 B1 1.09098656 B2 1.08851522 B3 1.09094809 B4 1.49214883 B5 1.34335747 B6 1.08420808 B7 1.47715825 B8 1.08560982 B9 1.22858510 B10 1.10404410 A1 108.52928043 A2 108.53343303 A3 111.55379702 A4 125.03776157 A5 121.24817021 A6 121.03055676 A7 117.87920670 A8 124.24945530 A9 115.54645890 D1 -115.78660028 D2 122.10468426 D3 0.02253979 D4 0.02458913 D5 -179.97564359 D6 -179.98071445 D7 -180.00000000 180 2.000 D8 0.00000000 但是在掃描過程中原子11和10連在一起了，見圖2 然后我進行了如下修改 即定義原子11時使用的是兩個鍵角來確定其空間位置，而非一個鍵角一個二面角 目的是為了固定原子8 10 10組成的鍵角以免在二面角改變的時候11和10連在一起了。手冊上關(guān)于這部分“另一種z-矩陣格式”里面有提到 ，但是沒有看明白。 我是這樣修改的， 0 1 C H 1 B1 H 1 B2 2 A1 H 1 B3 3 A2 2 D1 0 C 1 B4 3 A3 2 D2 0 C 5 B5 1 A4 3 D3 0 H 6 B6 5 A5 1 D4 0 C 6 B7 5 A6 1 D5 0 H 5 B8 1 A7 6 D6 0 O 8 B9 6 A8 5 D7 0 H 8 B10 6 A9 10 A10 1 但是用view無法打開，提示幾何構(gòu)型錯誤（見圖3）。我想可能是我這里的修改不正確，不知道該怎樣修改呀。希望高手能教教我  —————————————————————————————————————————————————————————————————————————--------— 問題完 丁烯醛優(yōu)化構(gòu)型 掃描過程中10與11連在一起了 提示的錯誤 |
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2樓2015-11-12 11:41:43
送紅花一朵 |
謝謝您的回復 11 8 10組成的鍵角優(yōu)化后的鍵角是120.24053 所以我是這樣設置的 按照您的方式修改成120之后用view可以打開了 但是不明白為何5 6 8 10在一個平面的話 角度不能超過120度呀 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2015-11-12 19:51:58
4樓2015-11-12 19:53:37
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http://www.gaoyang168.com/bbs/viewthread.php?tid=8756616&pid=4&target=1#pid4 我這里面喲有個回復，不知道對你又有沒有， |
5樓2015-11-12 20:41:53
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6樓2015-11-13 07:06:27
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謝謝您的解釋 不過我現(xiàn)在又遇到了新的問題 計算分子中某個原子與一個氖原子之間的相互作用能用高斯怎么實現(xiàn)呀 目的是為了通過擬合得到LJ勢能方程中的非鍵作用參數(shù)（井深和原子半徑）看到別人有用scan的 但是不知道如何確定氖原子與另外一個原子的空間位置 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
7樓2015-11-13 12:19:14
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