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quavavav

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專業(yè): 生物大分子結構與功能

[求助] 勢能面掃面結果出問題不明原因求助

故事是我想做兩個堆疊起來的環(huán)狀分子的勢能面掃描（Relaxed Scan），掃描對象是兩個環(huán)狀分子間的旋轉角。因為分子的原子數(shù)目有些多，所以先拿兩個上下堆疊的苯環(huán)試一試。

起始設置：兩個苯環(huán)上下對齊間距5個單位長度。兩苯環(huán)中心各有一個Bq原子做旋轉的參考軸。固定了一些角度，使兩個苯環(huán)一直處于平行狀態(tài)。下面是輸入文件。

模擬的結果是兩個苯環(huán)相互遠離，遠離至少30個單位后才停下。然后體系按照預定，二面角開始旋轉。我不理解這個結果為何這樣，難道不應該停在差不多3-5埃的距離后就達到能量最低狀態(tài)了嗎，為什么兩個苯分子會離開有近30幾個埃的距離呢。

%chk=benzenescan.chk
%nprocshared=16
%mem=20GB
# opt=modredundant hf/6-31g(d) nosymm

Title Card Required

0 1
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C                1.45229046 3.69209631 0.50000000
C                1.45229046 2.29710564 0.50000000
C                2.66038781 1.59961031 0.50000000
C                3.86848517 2.29710564 0.50000000
C                3.86848517 3.69209631 0.50000000
H                2.66038781 5.48920195 0.50000000
H                0.50000000 4.24190146 0.50000000
H                0.50000000 1.74730049 0.50000000
H                2.66038781 0.50000000 0.50000000
H                4.82077563 1.74730049 0.50000000
H                4.82077563 4.24190146 0.50000000
Bq                2.66038781 2.99460097 0.50000000
C                2.66038781 4.38959164 5.50000000
C                1.45229046 3.69209631 5.50000000
C                1.45229046 2.29710564 5.50000000
C                2.66038781 1.59961031 5.50000000
C                3.86848517 2.29710564 5.50000000
C                3.86848517 3.69209631 5.50000000
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H                2.66038781 0.50000000 5.50000000
H                4.82077563 1.74730049 5.50000000
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Bq                2.66038781 2.99460097 5.50000000

A 16 26 13 F
A 3 13 26 F
A 18 26 13 F
A 5 13 26 F
A 14 26 13 F
A 1 13 26 F
D 16 26 13 3 S 6 10.000000

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1樓 2012-05-24 18:15:37

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