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asaki銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
高斯掃勢(shì)能面的問題
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關(guān)鍵字實(shí)用opt（modredundant） 貌似是不是高斯掃勢(shì)能面得時(shí)候?qū)嵱胢odredundant只能按照原子序號(hào)來？ 我的本意是保持AB之間的距離不變?nèi)缓髵逤D之間的距離得到能量然后AB距離依次遞減，但是由于原子序號(hào)的問題貌似結(jié)果是保持CD之間的距離掃AB鍵距離變化得到能量，但是這樣得到的結(jié)果就比較錯(cuò)誤了，因?yàn)锳B間的鍵長(zhǎng)一旦超過某個(gè)數(shù)值后整個(gè)構(gòu)象會(huì)往能量低的方向走，讓這個(gè)鍵長(zhǎng)從最小值在掃到最大值的話就無法恢復(fù)一定合理的構(gòu)象了。 考慮過慢慢掃線得到結(jié)果，但是勢(shì)能面不是很平滑，而且曾經(jīng)對(duì)比過這兩種方法的結(jié)果卻是有誤差。 不知道壇子的朋友知道怎么處理這種問題嗎？ 還有問個(gè)題外話，掃勢(shì)能面一定要掃成鍵和斷鍵嗎？能否同時(shí)掃兩個(gè)成鍵的？ |
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2樓2011-05-21 22:44:24
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【答案】應(yīng)助回帖
asaki(金幣+1): 2011-05-23 15:43:53
asaki(金幣+1): 2011-06-12 22:29:30
asaki(金幣+1): 2011-06-12 22:29:30
| 一直是用SCAN關(guān)鍵字掃描PES的····如果是鍵長(zhǎng)變化和預(yù)想的不一樣那就通過重新定位原子內(nèi)坐標(biāo)吧~不要把固定的原子和掃描原子加入過多的內(nèi)坐標(biāo)關(guān)系，比如固定原子與掃描原子確定內(nèi)坐標(biāo)時(shí)使用了角度關(guān)系，那么固定原子就會(huì)隨著掃描原子移動(dòng)而移動(dòng)~可以加入Bq原子定位，建議設(shè)在較遠(yuǎn)的位置，因?yàn)锽q的加入對(duì)體系的能量貌似有微小影響，在體系較遠(yuǎn)端影響基本忽略！ |
3樓2011-05-22 01:55:25
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4樓2011-05-23 15:45:06
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5樓2012-02-09 15:31:52
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6樓2012-02-09 17:08:40
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