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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 分子生物 » 生物信息 » 測序結果分析中出現的問題
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asaki銅蟲 (小有名氣)
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測序結果分析中出現的問題
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大家好， 最近遇到一個項目，我們用的是多重PCR建庫，然后上機測序的。 因為是使用NGS來檢測目標的SNP位點，所以最后使用GATK 的GGA模型來獲取需要的基因型。 但是我發(fā)現在一些情況下 突變堿基只有6%的時候GATK認為是野生純合型，但是7%的時候就是雜合型了。 我的問題是： 1. 為什么使用PCR擴增的時候，如果待檢測位點是雜合子，那么理論上野生等位和雜合等位不應該是1:1的比例嗎？最后為啥測得有10%-70%都有？ 2. 遇到極端的情況，類似我前面提到的 6%和7%的區(qū)別咋辦？ 謝謝大家！  |
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