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asaki銅蟲 (小有名氣)
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測(cè)序結(jié)果分析中出現(xiàn)的問題
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大家好， 最近遇到一個(gè)項(xiàng)目，我們用的是多重PCR建庫(kù)，然后上機(jī)測(cè)序的。 因?yàn)槭鞘褂肗GS來檢測(cè)目標(biāo)的SNP位點(diǎn)，所以最后使用GATK 的GGA模型來獲取需要的基因型。 但是我發(fā)現(xiàn)在一些情況下 突變堿基只有6%的時(shí)候GATK認(rèn)為是野生純合型，但是7%的時(shí)候就是雜合型了。 我的問題是： 1. 為什么使用PCR擴(kuò)增的時(shí)候，如果待檢測(cè)位點(diǎn)是雜合子，那么理論上野生等位和雜合等位不應(yīng)該是1:1的比例嗎？最后為啥測(cè)得有10%-70%都有？ 2. 遇到極端的情況，類似我前面提到的 6%和7%的區(qū)別咋辦？ 謝謝大家！  |
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看你是做幾倍體生物，有的GC含量太高的影響比較大，是測(cè)不準(zhǔn) 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-09-08 23:57:34
asaki
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4樓2017-09-09 21:25:39
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