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weiyuanzheng

銅蟲(chóng) (小有名氣)

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最近小蝦在克隆一個(gè)基因啟動(dòng)子，想利用cDNA已知序列的的5'端設(shè)計(jì)引物去擴(kuò)基因組DNA的啟動(dòng)子，不知道可行性有多高？另外是想請(qǐng)教幾個(gè)問(wèn)題：1）不同物種的同一基因啟動(dòng)子相似度高嗎？2）cDNA的每段（外顯子）拼接是不是都必須與啟動(dòng)子序列（DNA）完全已知，測(cè)序結(jié)果怎么cDNA5'端外顯子銜接部分與啟動(dòng)子（DNA）序列有個(gè)別堿基差異呀？急盼回復(fù)！！謝謝

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沒(méi)有人生來(lái)灑脫，都總是在哭過(guò)以后才會(huì)感到輕松許多。

1樓 2016-11-04 09:52:24

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ztt2015

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西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-12-17 21:30:06

引用回帖:

1樓: Originally posted by weiyuanzheng at 2016-11-04 09:52:24
最近小蝦在克隆一個(gè)基因啟動(dòng)子，想利用cDNA已知序列的的5'端設(shè)計(jì)引物去擴(kuò)基因組DNA的啟動(dòng)子，不知道可行性有多高？另外是想請(qǐng)教幾個(gè)問(wèn)題：1）不同物種的同一基因啟動(dòng)子相似度高嗎？2）cDNA的每段（外顯子）拼接是不 ...

可以，我這樣一次克隆五個(gè)基因的啟動(dòng)子，成了三個(gè)，有兩個(gè)一次沒(méi)成就沒(méi)在再做。如果你基因是race克隆的就應(yīng)該和啟動(dòng)子上的一樣；如果是根據(jù)同源序列直接設(shè)計(jì)引物克隆的會(huì)有個(gè)別堿基不一樣，應(yīng)該以啟動(dòng)子上的為準(zhǔn)。再安啟動(dòng)子上的序列設(shè)計(jì)引物pcr擴(kuò)增突變回來(lái)就可以了。

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5樓2016-11-08 09:41:11

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Anna Chen

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可行，我是用試劑盒做的，有差異應(yīng)該也正常吧

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2樓2016-11-04 21:23:32

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2樓: Originally posted by Anna Chen at 2016-11-04 21:23:32
可行，我是用試劑盒做的，有差異應(yīng)該也正常吧

我用的是Takara的試劑盒，每次才步移600bp左右，據(jù)說(shuō)Clontech試劑盒一次可以走3k！！

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沒(méi)有人生來(lái)灑脫，都總是在哭過(guò)以后才會(huì)感到輕松許多。

3樓2016-11-07 14:31:00

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韓曉兔

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西門吹雪170: 金幣+1, 鼓勵(lì)回帖交流 2016-12-17 21:29:46

不能用cDNA做吧，萬(wàn)一你的5'cDNA中間間隔了內(nèi)含子的話就出不來(lái)了，我用的Takara Gemone walking，一次也就400多

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4樓2016-11-08 09:26:29

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