【求助】關(guān)于NBO分析鍵級(jí)
應(yīng)用Gaussian03對(duì)化合物進(jìn)行了NBO分析以后,期望從中得到鍵級(jí)的信息,現(xiàn)在不知道在輸出文件中具體的哪部分是該信息,請(qǐng)高手賜教。
請(qǐng)問(wèn)是不是從下面輸出文件矩陣中的對(duì)應(yīng)數(shù)字就是鍵級(jí)啊,比如說(shuō),C2-N14的鍵級(jí)是1.6717?
還有就是在輸出文件中有如下信息:
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order:
(矩陣)
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom:
(數(shù)列)
MO bond order:
(矩陣)
這些不同的鍵級(jí)都是從什么角度考慮的,又是怎么計(jì)算出來(lái)的?
請(qǐng)問(wèn)這些又都是些什么信息啊,文章中要討論的“鍵級(jí)”到底應(yīng)該怎么從輸出文件中讀?
現(xiàn)在有點(diǎn)糊涂,邊上又沒(méi)有課題問(wèn)的人,現(xiàn)在請(qǐng)大家?guī)兔Υ鹨梢幌隆?br />
謝謝!
是不是在計(jì)算細(xì)節(jié)部分給出( Wiberg bond index),就可以在后面的討論部分用下圖給出的數(shù)值討論鍵級(jí)?
[ Last edited by yjcmwgk on 2009-11-13 at 19:25 ]
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號(hào)
討論鍵級(jí)一般都是討論WBI
從輸出文件中找:Wiberg bond index matrix in the NAO basis
矩陣元即鍵級(jí)
矩陣中C2-N14和N14-C2的對(duì)應(yīng)矩陣元數(shù)值都是一樣的。
對(duì)開(kāi)竅層和閉竅層體系的討論還不太一樣,給你摘錄廈大論壇上看到一段只供參考:
以O(shè)2為例:
對(duì)于單重態(tài)(閉殼層)輸入文件:
——————————————————————————
#B3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread)
HF
0 1
O 0.00 0.80 0.000000
O 0.00 0.80 1.200000
$NBO BNDIDX $END
——————————————————————
單重態(tài)閉殼層做最簡(jiǎn)單,在輸出文件中,找
Wiberg bond index matrix in the NAO basis
它以矩陣的形式列出了分子間的鍵級(jí)。
注意一點(diǎn):因?yàn)橛?jì)算中有結(jié)構(gòu)優(yōu)化(opt),所以一定要“從后往前”找
Wiberg bond index matrix in the NAO basis。
(你可以試試水的計(jì)算,我的計(jì)算結(jié)果是0.7924,差不多了。
三重態(tài)也差不多,輸入文件:
——————————————————————————
#uB3LYP/6-311++G(3df,2pd) opt Pop(nboread)
HF
0 3
O 0.00 0.80 0.000000
O 0.00 0.80 1.200000
$NBO BNDIDX $END
——————————————————————
也是在輸出文件中,找
Wiberg bond index matrix in the NAO basis
注意:因?yàn)槭情_(kāi)殼層計(jì)算,所以會(huì)有alfa和beta電子的區(qū)別。
仍然是“從后往前”找
Wiberg bond index matrix in the NAO basis
找到的第一個(gè)其實(shí)是beta電子的,找到的第二個(gè)是alfa電子的,第三個(gè)是total的。
注意,關(guān)鍵在這里:對(duì)開(kāi)殼層計(jì)算,不能直接用total的結(jié)果(可能程序有問(wèn)題),
而是應(yīng)該用 (alfa+beta)*2 . 我計(jì)算的結(jié)果是:
Total:1.5185
alfa :0.2620 (with around 1 electron in BD and 0 electron in BD*)
beta :0.7521 (with around 3 electrons in BD and 0 electron in BD*)
用 (alfa+beta)*2=2.0282, 剛好是O2三重態(tài)的鍵級(jí)。
單重態(tài)的計(jì)算肯定沒(méi)有問(wèn)題,多重態(tài)(開(kāi)殼層)的計(jì)算方法是我自己琢磨的,不一定對(duì)。
不過(guò)我試了用開(kāi)殼層的方法計(jì)算單重態(tài),證實(shí)我的方法是對(duì)的,所以我比較自信這個(gè)方法。
應(yīng)該是這些吧
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order:
Atom 1 2
---- ------ ------
1. O 0.0000 0.6958
2. O 0.6958 0.0000
Atom-atom overlap-weighted NAO bond order, Totals by atom:
Atom 1
---- ------
1. O 0.6958
2. O 0.6958
MO bond order:
Atom 1 2
---- ------ ------
1. O 0.0000 0.8710
2. O 0.8710 0.0000
我前面總結(jié)過(guò)了。
用AIM可以。不過(guò)有的體系會(huì)算不了。程序會(huì)出錯(cuò)。
用pop=nboread可以,對(duì)于單重態(tài)直接看Wiberg bond index matrix,
對(duì)于多重態(tài)也是看Wiberg bond index matrix,
不過(guò)是分別看alfa和beta的,要把a(bǔ)lfa和beta的加起來(lái),再乘以2。
(對(duì)于多重態(tài)這個(gè)方法是我自己摸索的,不一定對(duì),不過(guò)對(duì)于好幾個(gè)體系
我試過(guò)都是對(duì)的。)
nbo 算的出鍵級(jí)的,在Natural Orbital Bond下,要把A軌道和B軌道的加起來(lái)在求平均值,就是鍵級(jí)
J. Comput. Chem. 19(6), 610-627(1998),
明白了,講解得太透徹了,謝謝大家!
此前我也曾遇到過(guò)樓上同樣的出錯(cuò)問(wèn)題,當(dāng)時(shí)考慮是分子軌道的原因。但沒(méi)有尋找到解決方法,在此一并提出,希望有高手指教!