目前的QSAR描述參數(shù)，大約有2千種左右，99.99%是不考慮R/S或者Z/E的。

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 11:25:
目前的QSAR描述參數(shù)，大約有2千種左右，99.99%是不考慮R/S或者Z/E的。

您好，那我要是以后要將小分子和蛋白質(zhì)做對(duì)接的情況下，小分子的R/S構(gòu)型會(huì)不會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響呢？謝謝！

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Originally posted by zhangh1985 at 2009-7-23 12:59:
您好，那我要是以后要將小分子和蛋白質(zhì)做對(duì)接的情況下，小分子的R/S構(gòu)型會(huì)不會(huì)對(duì)結(jié)果產(chǎn)生影響呢？謝謝！

當(dāng)然會(huì)!

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 14:57:


當(dāng)然會(huì)!

也就是說我必須確定小分子的R/S構(gòu)型了，可從beilstein中下載的2D構(gòu)型到需要用的3D的sd文件構(gòu)型不好解決啊，請(qǐng)問您能給指點(diǎn)一下嗎？謝謝！

（1）不要指望分子對(duì)接能處理大量小分子。不管是什么來歷的小分子，最好親自逐個(gè)過目，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（包括手性）。

（2）2D轉(zhuǎn)化為3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein導(dǎo)出的2D文件，應(yīng)該有手性的信息。但是這個(gè)信息是不是能夠被其它程序識(shí)別，那就另當(dāng)別論了。

請(qǐng)你給出具體的工作路線、具體的分子（帶有手性的、文本格式）

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 16:13:
（1）不要指望分子對(duì)接能處理大量小分子。不管是什么來歷的小分子，最好親自逐個(gè)過目，進(jìn)行結(jié)構(gòu)優(yōu)化（包括手性）。

（2）2D轉(zhuǎn)化為3D，babelwin 2.2的版本是最好的。

（3）Beilstein導(dǎo)出的2D文件，應(yīng)該有手性 ...

（1）：嗯，是應(yīng)該逐個(gè)過目的，謝謝，我知道了。
（2）：沒找到babelwin 2.2，下載了openbabel，能轉(zhuǎn)換為3D的，但是自己驗(yàn)  
          證后發(fā)現(xiàn)還是有錯(cuò)誤的，也許如你所說beilstein導(dǎo)出的手性信息
          openbabel不識(shí)別吧，最后只有放棄。
（3）：我要做的步驟是這樣的：
      a：輸入一個(gè)中草藥名稱，在beilstein數(shù)據(jù)庫里查找出該草藥所含的化合物，
           導(dǎo)出sd文件。
      b：把上述sd文件導(dǎo)入C2中，優(yōu)化結(jié)構(gòu)，發(fā)現(xiàn)優(yōu)化后的結(jié)構(gòu)的R/S信息和
           beilstein數(shù)據(jù)庫中2D分子顯示的R/S構(gòu)型不同。
      c：我想做的是優(yōu)化結(jié)構(gòu)后的分子的R/S構(gòu)型和beilstein數(shù)據(jù)庫中2D分子顯示
          的R/S要保持一致，這樣才是原來的分子。
    注：beilstein數(shù)據(jù)庫中的2D分子是用楔形鍵（實(shí)鍵和虛鍵）顯示的R/S構(gòu)型，
          從數(shù)據(jù)庫中導(dǎo)出的sd文件Z坐標(biāo)軸顯示的全是0，就應(yīng)該代表是2D的吧
，

抱歉，應(yīng)該是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建議，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之類的）。
如果R/S不正確，自己把它修改過來就是了。不就是翻轉(zhuǎn)一下嗎？移動(dòng)一個(gè)原子即可。然后，再做一下結(jié)構(gòu)優(yōu)化。完工。

這是給誰賣命��？這么有錢？

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Originally posted by yalefield at 2009-7-23 21:25:
抱歉，應(yīng)該是OpenBabel 2.2（以前的版本不支持3D）
建議，用C2或者Chem3D，或者什么方便的程序（Hyperchem之類的）。
如果R/S不正確，自己把它修改過來就是了。不就是翻轉(zhuǎn)一下嗎？移動(dòng)一個(gè)原子即可。然后，再做 ...

嗯，沒有辦法了，只有用C2直接弄了，要一個(gè)一個(gè)得核對(duì)了，很麻煩啊。翻轉(zhuǎn)
是比較容易，但是R/S的位置有時(shí)很難對(duì)上號(hào)，要詳細(xì)的比對(duì)才行啊，幾百個(gè)分子不知道啥時(shí)候才能完全弄好呢……
謝謝您啊，多謝這兩天您的指導(dǎo)，還有在看到網(wǎng)上看到您的一些回帖，真是牛人，很佩服您！�。『呛�
（導(dǎo)師姓名不便說，還請(qǐng)?jiān)�諒啊�。?/p>