babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

順便提一句：3d有什么用？

引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2009-7-22 11:42:
babelwin 2.2以上

注意 --gen3d

順便提一句：3d有什么用？

我在用QSAR軟件中的力場優(yōu)化分子結構時使用sd文件(sd文件是二維的),當優(yōu)化完成后發(fā)現有的原本是R構型轉變成了S構型，我就想是不是原本沒確定3D結構的問題，請問如果不轉換為3D的sd文件，能很好的優(yōu)化，不出現構型轉變的情況嗎？謝謝，我剛開始學習這個，屬低級菜鳥型，還請多指教！

首先，你用什么軟件？是2維QSAR還是3維QSAR？

一般而言，2維QSAR很少考慮手性。
而3維QSAR(CoMFA)才會考慮這個。
當然，也有人專門開發(fā)了關于手性的描述參數（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbraikh）。

引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2009-7-22 15:43:
首先，你用什么軟件？是2維QSAR還是3維QSAR？

一般而言，2維QSAR很少考慮手性。
而3維QSAR(CoMFA)才會考慮這個。
當然，也有人專門開發(fā)了關于手性的描述參數（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbra ...

您好，能否知道您的QQ或者什么別的即時通訊方式，我想詳細的請教一下，
我的QQ：363096467，萬分感謝！

引用回帖:

Originally posted by yalefield at 2009-7-22 15:43:
首先，你用什么軟件？是2維QSAR還是3維QSAR？

一般而言，2維QSAR很少考慮手性。
而3維QSAR(CoMFA)才會考慮這個。
當然，也有人專門開發(fā)了關于手性的描述參數（Chirality descriptor，作者：Alexander Golbra ...

您好！我想不管是做二維QSAR還是三維QSAR，如果數據庫中查出來的構型是R構型，在QSAR中優(yōu)化后轉變?yōu)镾構型，計算出的描述符總會不一樣的吧？還有做QSAR只是第一步，以后可能還會做對接什么的，立體構型轉變就不是原來的分子了，結果應該會有差別吧？謝謝！

Beilsteincrossfire commander只能導出2D結構式，如果要3D的，就需要從dicoverygate上下載，不過諸如MDDR以及ACD的3D結構，也基本是軟件轉過來的。如果有2D結構式，且有轉換軟件，你可以自己轉換成2D

引用回帖:

Originally posted by wsq402 at 2009-7-23 09:18:
Beilsteincrossfire commander只能導出2D結構式，如果要3D的，就需要從dicoverygate上下載，不過諸如MDDR以及ACD的3D結構，也基本是軟件轉過來的。如果有2D結構式，且有轉換軟件，你可以自己轉換成2D

您好，我不知道discoverygate是什么啊，是不是Elsevier有關啊，如果是Elsevier 里的東西，我是不是需要一個一個的輸入化合物名找到3D結構再保存為sd文件呢？我試過openbabel這個轉換軟件，將2D結構轉換為3D結構后發(fā)現還是有錯誤，是不是本來是2D的結構的，如果不指明其它條件，會不會軟件自動轉變?yōu)榉�(wěn)定構型，而不管化合物本身的R或S構型了呢？謝謝
，