多條基因序列方向判斷
請教一個小白問題。
我從NCBI上下載了一批基因序列，請問有什么方法可以迅速判斷這些序列的方向性嗎？以至于后面做OTU分析時，不會因為序列方向相反而出現(xiàn)錯誤的OTU分組結(jié)果。
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京公網(wǎng)安備 11010802022153號
是不是想確認(rèn)基因在基因組上的正負鏈信息？基因序列都是5'~3'的，且比對的時候考慮了互補配對情況，對OTU分析沒影響吧
謝謝回復(fù)啊！
是的，我就是想確定正負鏈。
然后，OTU分析時，正負鏈不影響分析結(jié)果的嗎？我一直以為OTU分析時都應(yīng)該是統(tǒng)一的正鏈或統(tǒng)一的負鏈，正負鏈混在一起，結(jié)果就會出錯。
另外，就算不影響OTU分析結(jié)果，如果是正負鏈混在一起比對時，那我不是很難看出來序列之間哪些地方相同，那些地方有差異？
不知道我有沒有表述清楚我的意思？
1）確定基因序列在基因組上的正負鏈情況，可以查詢這個基因的基本信息，還可以將其與基因組進行比對獲得信息
2）在序列對比時，會考慮互補鏈的情況
3）比對結(jié)果中，會有不一致的區(qū)域/堿基的信息，以blast的結(jié)果為例，一致的堿基用豎線連接，gap用-表示，不一致的堿基也一目了然
非常感謝你的回復(fù)！
我現(xiàn)在的情況是，我下載了多條序列，需要通過軟件比對找到這些序列之間的相同區(qū)域以及差異區(qū)域。但是如果我比對時這些序列是正負鏈混在一起的，那么軟件只是客觀地顯示出這些序列的比對結(jié)果（我用的mega軟件比對），并不會自動在比對過程中調(diào)整序列成為正鏈/負鏈。而我也不清楚這些序列中哪些是正鏈/負鏈，所以就無法正確獲得相同/差異區(qū)域。
你建議的第一點，說將其與基因組進行比對獲得信息，這對于我下載的多條序列來說，好像操作起來不是太合適呢（或者我沒有理解你說的操作步驟？）。查詢這個基因的基本信息，是哪個信息點會顯示出正負鏈呢？我好像在序列頁面沒看到相關(guān)信息耶。
還望指教！多謝多謝多謝
，
1）我沒有實操過MEGA，確實很多多序列比對軟件在比對過程中并不會自動調(diào)整序列的正負鏈
2）假如你共有N條基因序列，可以以第一條為Ref，剩下的N-1條與其進行Blast（或其他軟件）比對，根據(jù)比對結(jié)果，決定基因序列是否需要用互補鏈
3）經(jīng)過上一步操作后，再進行多序列比對就不存在上述問題了
我現(xiàn)在就是以第一條為Ref，剩下的N-1條和它進行比對，但是從比對結(jié)果中我看不出來正負鏈信息。有些序列之間可能本來差異就比較大，所以我分不清這種序列差異是正負鏈導(dǎo)致的、還是序列本身就差異較大。
1）請貼比對信息截圖
2）正負鏈不影響差異