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[求助] 求助啊，一株細(xì)菌的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育構(gòu)建問(wèn)題已有3人參與

是這樣啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比對(duì)，分?jǐn)?shù)都是100%，用mega6進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹比對(duì)，發(fā)育樹上的數(shù)字都是0了，或者很低，這種情況該怎么辦�。。�！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC
幫我做一下吧，或者告訴我哪里錯(cuò)了啊，我做的圖如下，構(gòu)建樹的步驟如下圖片

我想這樣的.png

求助啊，一株細(xì)菌的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育構(gòu)建問(wèn)題-1

20130927_152106.jpg

求助啊，一株細(xì)菌的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育構(gòu)建問(wèn)題-2

20130927_152117.jpg

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材料與化工085600，總分304，本科有兩篇sci參與，求調(diào)劑已經(jīng)有5人回復(fù)

1樓 2016-03-09 22:20:46

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haloarchaeon

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

從發(fā)育樹上看，你這株菌差不多就是解淀粉芽孢桿菌。但要得到確切的結(jié)果還是要將這株菌與Bacillus屬的相近種的模式菌株以及Bacillus相近屬的模式種一起構(gòu)建一個(gè)系統(tǒng)發(fā)育樹，判定其確切的分類地位。
至于你的菌株與相近種的相似性，建議你還是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比對(duì)，這樣的結(jié)果比較可信，在國(guó)際學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表時(shí)，審稿人認(rèn)可。
這是搜索結(jié)果：
Name Strain Authors Taxonomy Accession Pairwise Similarity(%) Diff/Total nt Completeness(%)
Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42(T) Borriss et al. 2011 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CP000560 99.92 1/1318 100

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haloarchaeon

2樓2016-03-10 08:50:10

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chinayanfei

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前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都沒(méi)有外群菌株～適當(dāng)要增加或刪掉一些重新建樹，你步驟里面沒(méi)有選擇進(jìn)化樹的類型嗎？一般先建NJ

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3樓2016-03-10 14:55:01

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dllchina

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我都三年沒(méi)畫過(guò)樹了，具體細(xì)節(jié)你可以去查看我發(fā)的 “手把手教你構(gòu)建進(jìn)化樹”

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5樓2016-03-10 15:08:05

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dllchina

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

先clust_w本地比對(duì)，選取星號(hào)推薦區(qū)間，另存為一個(gè)fasta這種文本文件，然后構(gòu)建進(jìn)化樹，帶上同一科的屬代表菌株序列作為outgroup.然后再構(gòu)建進(jìn)化樹。

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4樓2016-03-10 15:07:06

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蘇顏珍

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【答案】應(yīng)助回帖

引用回帖:

5樓: Originally posted by dllchina at 2016-03-10 15:08:05
我都三年沒(méi)畫過(guò)樹了，具體細(xì)節(jié)你可以去查看我發(fā)的 “手把手教你構(gòu)建進(jìn)化樹”

能把你的那篇文章發(fā)給我么

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6樓2016-05-09 23:22:10

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蘇顏珍

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引用回帖:

4樓: Originally posted by dllchina at 2016-03-10 15:07:06
先clust_w本地比對(duì)，選取星號(hào)推薦區(qū)間，另存為一個(gè)fasta這種文本文件，然后構(gòu)建進(jìn)化樹，帶上同一科的屬代表菌株序列作為outgroup.然后再構(gòu)建進(jìn)化樹。

你好，星號(hào)推薦區(qū)間是什么意思呢？

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7樓2016-05-09 23:34:22

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引用回帖:

3樓: Originally posted by chinayanfei at 2016-03-10 14:55:01
前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都沒(méi)有外群菌株～適當(dāng)要增加或刪掉一些重新建樹，你步驟里面沒(méi)有選擇進(jìn)化樹的類型嗎？一般先建NJ

自律值一般多少格式呢？我的也是3、4、11

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8樓2016-10-12 17:03:40

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像這樣

求助啊，一株細(xì)菌的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育構(gòu)建問(wèn)題-3

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9樓2016-10-12 17:05:19

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建正確的發(fā)育樹應(yīng)該選模式菌株，如果分類不太明確，可以考慮ARB軟件

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10樓2016-10-12 18:40:50

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