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[求助]
求助啊，一株細(xì)菌的系統(tǒng)進(jìn)化發(fā)育構(gòu)建問題 已有3人參與
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是這樣啊，我的菌株做的16sRDNA，去NCBI比對，分?jǐn)?shù)都是100%，用mega6進(jìn)行系統(tǒng)發(fā)育樹比對，發(fā)育樹上的數(shù)字都是0了，或者很低，這種情況該怎么辦�。。�！我的菌株起名NS8序列在此：GAAACCGGGGCTAATACCGGATGGTTGTCTGAACCGCATGGTTCAGACATAAAAGGTGGCTTCGGCTACCACTTACAGATGGACCCGCGGCGCATTAGCTAGTTGGTGAGGTAACGGCTCACCAAGGCGACGATGCGTAGCCGACCTGAGAGGGTGATCGGCCACACTGGGACTGAGACACGGCCCAGACTCCTACGGGAGGCAGCAGTAGGGAATCTTCCGCAATGGACGAAAGTCTGACGGAGCAACGCCGCGTGAGTGATGAAGGTTTTCGGATCGTAAAGCTCTGTTGTTAGGGAAGAACAAGTGCCGTTCAAATAGGGCGGCACCTTGACGGTACCTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGGTAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGAATTATTGGGCGTAAAGGGCTCGCAGGCGGTTTCTTAAGTCTGATGTGAAAGCCCCCGGCTCAACCGGGGAGGGTCATTGGAAACTGGGGAACTTGAGTGCAGAAGAGGAGAGTGGAATTCCACGTGTAGCGGTGAAATGCGTAGAGATGTGGAGGAACACCAGTGGCGAAGGCGACTCTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGAGCGAAAGCGTGGGGAGCGAACAGGATTAGATACCCTGGTAGTCCACGCCGTAAACGATGAGTGCTAAGTGTTAGGGGGTTTCCGCCCCTTAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAGCACTCCGCCTGGGGAGTACGGTCGCAAGACTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAATTCGAAGCAACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATCCTCTGACAATCCTAGAGATAGGACGTCCCCTTCGGGGGCAGAGTGACAGGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTGATCTTAGTTGCCAGCATTCAGTTGGGCACTCTAAGGTGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCTGGGCTACACACGTGCTACAATGGACAGAACAAAGGGCAGCGAAACCGCGAGGTTAAGCCAATCCCACAAATCTGTTCTCAGTTCGGATCGCAGTCTGCAACTCGACTGCGTGAAGCTGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTTGTACACACCGCCCGTCACACCACGAGAGTTTGTAACACCCGAAGTCGGTGAGGTAACCTTTATGGAGCCAGCCGC 幫我做一下吧，或者告訴我哪里錯了啊，我做的圖如下，構(gòu)建樹的步驟如下圖片 我想這樣的.png 20130927_152106.jpg 20130927_152117.jpg |
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chinayanfei
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前面自律值太低了(聚在一支的概率太低了～)！而且都沒有外群菌株～適當(dāng)要增加或刪掉一些重新建樹，你步驟里面沒有選擇進(jìn)化樹的類型嗎？一般先建NJ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-03-10 14:55:01
haloarchaeon
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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從發(fā)育樹上看，你這株菌差不多就是解淀粉芽孢桿菌。但要得到確切的結(jié)果還是要將這株菌與Bacillus屬的相近種的模式菌株以及Bacillus相近屬的模式種一起構(gòu)建一個系統(tǒng)發(fā)育樹，判定其確切的分類地位。 至于你的菌株與相近種的相似性，建議你還是用eztaxon（http://www.ezbiocloud.net/eztaxon/）去比對，這樣的結(jié)果比較可信，在國際學(xué)術(shù)期刊上發(fā)表時，審稿人認(rèn)可。 這是搜索結(jié)果： Name Strain Authors Taxonomy Accession Pairwise Similarity(%) Diff/Total nt Completeness(%) Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum FZB42(T) Borriss et al. 2011 Bacteria; Firmicutes; Bacilli; Bacillales; Bacillaceae; Bacillus; Bacillus amyloliquefaciens; Bacillus amyloliquefaciens subsp. plantarum CP000560 99.92 1/1318 100 |
2樓2016-03-10 08:50:10
dllchina
木蟲 (著名寫手)
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4樓2016-03-10 15:07:06
dllchina
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5樓2016-03-10 15:08:05
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