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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » gromacs軟件如何計算鹽橋數目
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[求助]
gromacs軟件如何計算鹽橋數目 已有1人參與
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請問gromacs軟件如何計算鹽橋的數目。我用g_sas這個命令得到3個xvg文件，但沒有數目，而命令窗口中出現了一些氨基酸殘基，但是同一個氨基撒重復出現幾次，這是算一個鹽橋？還是有幾次算幾次，詳見下圖 5EI8F3EGD(D5}3WET4B@]1L.png |
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awaken2013
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【答案】應助回帖
感謝參與，應助指數 +1
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鹽橋是長程力 而且還沒方向限制 當然可能會一個原子出現幾次…具體鹽橋數據統(tǒng)計還的看你的截斷設置為多少。 我推薦用vmd算 簡單明了。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
2樓2016-03-21 23:38:31
3樓2016-03-22 16:06:59
4樓2016-04-20 14:54:14
awaken2013
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5樓2016-04-20 23:03:56
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