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daxin8807木蟲(chóng) (小有名氣)
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[交流]
check cif 常見(jiàn)錯(cuò)誤及解決方法 已有5人參與
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還是之前帖子討論過(guò)的，想建一個(gè)cif 錯(cuò)誤百科，先把老帖搬過(guò)來(lái)了，http://www.gaoyang168.com/html/200810/1029270.html， 做個(gè)開(kāi)始，希望大家能把自己遇到的cif問(wèn)題和解決方法留下，以方便互相學(xué)習(xí)。本來(lái)打算自己總結(jié)一下現(xiàn)有的帖子，但是一來(lái)自己比較忙，二來(lái)群眾的力量肯定大過(guò)我自己的力量，況且本人也只是初窺門(mén)徑，還有很多要學(xué)習(xí)的地方。 之前的帖子是按照問(wèn)題，原因，解決方法的格式來(lái)寫(xiě)，大家可以按照這個(gè)格式，或者有什么更好的格式也可以，如果發(fā)現(xiàn)本帖沒(méi)有收錄的check cif 錯(cuò)誤，也可以把鏈接貼過(guò)來(lái)，我有時(shí)間的時(shí)候來(lái)整理格式。 歡迎大家討論，希望我們共同進(jìn)步！ 問(wèn)題： _diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.93 采集數(shù)據(jù)的完成度偏低，通常要在 0.97 以上。最好是重新收集數(shù)據(jù)。 解決方法：omit 0 50 問(wèn)題： No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 報(bào)告中顯示對(duì) H 原子的修正方法是混合模式但沒(méi)有列出 H 原子相關(guān)的偏差。 解決方法：把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr" 就可以了。 問(wèn)題： CIF Contains no X-H Bonds ...................... ? CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .......... ? 解決方法：在 ins 文件中將 Bond 改為 Bond $h 命令,再在 XL 中精修一下就可以 了 問(wèn)題： PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37 沒(méi)有收斂，修正輪數(shù)不夠多 Maximum Shift/Error 值應(yīng)該接近于 0，至少要在 0.02 以下。 解決方法：增加修正輪數(shù)（L.S. 后的數(shù)值改大） 問(wèn)題： PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.95 Ratio PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.78 Ratio 這二條是指原子有較大的非正定，說(shuō)明沒(méi)有修正好。 解決方法：可以考慮將這個(gè)有較大無(wú)序的 O 進(jìn)行分比（如占位率 0.5：0.5）再修。 如果是衍射數(shù)據(jù)質(zhì)量不夠好而無(wú)法得到好的修正結(jié)果，那只有重新采集數(shù)據(jù)了。 問(wèn)題： DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density lies outside the range 0.80 <> 1.20 Calculated density = 1.753 Measured density = 0.000 PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 解決方法：在 cif 里將_exptl_crystal_density_meas 0 改為：_exptl_crystal_density_meas ? 將_refine_ls_hydrogen_treatment mixed 改為：_refine_ls_hydrogen_treatment constr 問(wèn)題： PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD ..................... ? 解決方法：原子非正定，無(wú)序或者空間群錯(cuò)誤， 或者數(shù)據(jù)不好。這個(gè)原子如果 在結(jié)構(gòu)中不甚重要，可以按各向同性處理，一般不影響發(fā)表 。用 ISOR 命令各 向同性，應(yīng)該可以解決。 問(wèn)題： Hirshfeld Test Diff for C1 - C2 .. 7.53 su 解決方法：ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2 （delu 限制所指定的原子具有接近指定范圍內(nèi)的位移參數(shù)） 問(wèn)題： PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .. ? PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption Required RT(exp) ... 1.11 解決方法：主要注意 cif 文件中的以下這幾行，_exptl_absorpt_correction_type 這 一項(xiàng)只要做了 xcif 就一般會(huì)自動(dòng)填 'Multi-scan'，你也可根據(jù)自己的校正方法來(lái) 填。 一般可能出的問(wèn)題就是這幾行填得串了行，或者 T_min 與 T_max 填反了。仔細(xì) 檢查 問(wèn)題： PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.83 Ratio 解決方法：simu 0.01 0.02 3.8 $c （simu 限制在一定范圍內(nèi)的原子具有相同的位移參數(shù)） 問(wèn)題： 解 完 晶 體 后 check cif 出 現(xiàn) A 類(lèi) 錯(cuò) 誤 No s.u. Given for Flack Parameter .............. ? 解決方法：你這個(gè)結(jié)構(gòu)是否有手性？ 1. 如果有手性且有重原子，那在修正中加入 Flack 指令，修正后重新產(chǎn)生 CIF。 2. 如果沒(méi)有手性，或有手性但用 Mo 靶做小于 Si 元素的結(jié)構(gòu)，則可在 CIF 的原 子信息這一欄的最后面添加一句話(huà)，如下所示： _chemical_formula_sum 'C10 H18 O5 ' _chemical_formula_moiety 'C10 H18 O5 ' _chemical_formula_weight 218.25 _chemical_melting_point ? _chemical_absolute_configuration ' unk ' 這樣就可以了 問(wèn)題： 一個(gè) B 類(lèi)錯(cuò)誤：Merging of Friedel Pairs is STRONGLY Indicated 解決方法：在 ins 文件中加入 MERG 3 重新精修一輪即可。 問(wèn)題： ABSTM02_ALERT_3_A Test not performed as the _exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01. 解決方法：The absorption correction should be one of the following * none * analytical * integration * numerical * gaussian * empirical * psi-scan * multi-scan * refdelf * sphere * cylinder 問(wèn)題： Alert level A PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma Alert level B PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O1 .. 21.64 su PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O2 .. 12.23 su 解決方法：第一個(gè)問(wèn)題在 INS 文件中把 EXTI 這行命令刪掉再修就可以了 后兩個(gè) B 類(lèi)錯(cuò)誤可以在-lst 文件中 BOND 的下一行使用如寫(xiě)命令，然后精修： ELMU Zn O1 Zn O2 SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2 |
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3樓2016-03-22 22:05:43
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2樓2016-03-22 19:52:41
daxin8807
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嗯 這個(gè)是挺有幫助的～～不過(guò)對(duì)于經(jīng)驗(yàn)不足的同學(xué)可能還是不知道怎么解決，有時(shí)候就是一個(gè)命令很簡(jiǎn)單就解決了 發(fā)自小木蟲(chóng)IOS客戶(hù)端 |
4樓2016-03-23 05:38:22
古城怪騎
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