 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 5 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 4102 | 回復(fù): 6 | |||||
| 當(dāng)前只顯示滿足指定條件的回帖，點(diǎn)擊這里查看本話題的所有回帖 | |||||
daxin8807木蟲 (小有名氣)
|
[交流]
check cif 常見錯(cuò)誤及解決方法 已有5人參與
|
||||
|
還是之前帖子討論過(guò)的，想建一個(gè)cif 錯(cuò)誤百科，先把老帖搬過(guò)來(lái)了，http://www.gaoyang168.com/html/200810/1029270.html， 做個(gè)開始，希望大家能把自己遇到的cif問(wèn)題和解決方法留下，以方便互相學(xué)習(xí)。本來(lái)打算自己總結(jié)一下現(xiàn)有的帖子，但是一來(lái)自己比較忙，二來(lái)群眾的力量肯定大過(guò)我自己的力量，況且本人也只是初窺門徑，還有很多要學(xué)習(xí)的地方。 之前的帖子是按照問(wèn)題，原因，解決方法的格式來(lái)寫，大家可以按照這個(gè)格式，或者有什么更好的格式也可以，如果發(fā)現(xiàn)本帖沒有收錄的check cif 錯(cuò)誤，也可以把鏈接貼過(guò)來(lái)，我有時(shí)間的時(shí)候來(lái)整理格式。 歡迎大家討論，希望我們共同進(jìn)步！ 問(wèn)題： _diffrn_measured_fraction_theta_full Low ....... 0.93 采集數(shù)據(jù)的完成度偏低，通常要在 0.97 以上。最好是重新收集數(shù)據(jù)。 解決方法：omit 0 50 問(wèn)題： No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 報(bào)告中顯示對(duì) H 原子的修正方法是混合模式但沒有列出 H 原子相關(guān)的偏差。 解決方法：把.CIF 中的 "mixed" 改成 "constr" 就可以了。 問(wèn)題： CIF Contains no X-H Bonds ...................... ? CIF Contains no X-Y-H or H-Y-H Angles .......... ? 解決方法：在 ins 文件中將 Bond 改為 Bond $h 命令,再在 XL 中精修一下就可以 了 問(wèn)題： PLAT080_ALERT_2_A Maximum Shift/Error ............................ 0.37 沒有收斂，修正輪數(shù)不夠多 Maximum Shift/Error 值應(yīng)該接近于 0，至少要在 0.02 以下。 解決方法：增加修正輪數(shù)（L.S. 后的數(shù)值改大） 問(wèn)題： PLAT220_ALERT_2_A Large Non-Solvent O Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.95 Ratio PLAT222_ALERT_3_A Large Non-Solvent H Ueq(max)/Ueq(min) ... 7.78 Ratio 這二條是指原子有較大的非正定，說(shuō)明沒有修正好。 解決方法：可以考慮將這個(gè)有較大無(wú)序的 O 進(jìn)行分比（如占位率 0.5：0.5）再修。 如果是衍射數(shù)據(jù)質(zhì)量不夠好而無(wú)法得到好的修正結(jié)果，那只有重新采集數(shù)據(jù)了。 問(wèn)題： DENSX01_ALERT_1_A The ratio of the calculated to measured crystal density lies outside the range 0.80 <> 1.20 Calculated density = 1.753 Measured density = 0.000 PLAT093_ALERT_1_A No su's on H-atoms, but refinement reported as . mixed 解決方法：在 cif 里將_exptl_crystal_density_meas 0 改為：_exptl_crystal_density_meas ? 將_refine_ls_hydrogen_treatment mixed 改為：_refine_ls_hydrogen_treatment constr 問(wèn)題： PLAT211_ALERT_2_A ADP of Atom C3 is NPD ..................... ? 解決方法：原子非正定，無(wú)序或者空間群錯(cuò)誤， 或者數(shù)據(jù)不好。這個(gè)原子如果 在結(jié)構(gòu)中不甚重要，可以按各向同性處理，一般不影響發(fā)表 。用 ISOR 命令各 向同性，應(yīng)該可以解決。 問(wèn)題： Hirshfeld Test Diff for C1 - C2 .. 7.53 su 解決方法：ins 文件里加入 delu 0.02 c1 c2 （delu 限制所指定的原子具有接近指定范圍內(nèi)的位移參數(shù)） 問(wèn)題： PLAT052_ALERT_1_A (Proper) Absorption Correction Method Missing .. ? PLAT057_ALERT_3_C Correction for Absorption Required RT(exp) ... 1.11 解決方法：主要注意 cif 文件中的以下這幾行，_exptl_absorpt_correction_type 這 一項(xiàng)只要做了 xcif 就一般會(huì)自動(dòng)填 'Multi-scan'，你也可根據(jù)自己的校正方法來(lái) 填。 一般可能出的問(wèn)題就是這幾行填得串了行，或者 T_min 與 T_max 填反了。仔細(xì) 檢查 問(wèn)題： PLAT220_ALERT_2_B Large Non-Solvent C Ueq(max)/Ueq(min) ... 3.83 Ratio 解決方法：simu 0.01 0.02 3.8 $c （simu 限制在一定范圍內(nèi)的原子具有相同的位移參數(shù)） 問(wèn)題： 解 完 晶 體 后 check cif 出 現(xiàn) A 類 錯(cuò) 誤 No s.u. Given for Flack Parameter .............. ? 解決方法：你這個(gè)結(jié)構(gòu)是否有手性？ 1. 如果有手性且有重原子，那在修正中加入 Flack 指令，修正后重新產(chǎn)生 CIF。 2. 如果沒有手性，或有手性但用 Mo 靶做小于 Si 元素的結(jié)構(gòu)，則可在 CIF 的原 子信息這一欄的最后面添加一句話，如下所示： _chemical_formula_sum 'C10 H18 O5 ' _chemical_formula_moiety 'C10 H18 O5 ' _chemical_formula_weight 218.25 _chemical_melting_point ? _chemical_absolute_configuration ' unk ' 這樣就可以了 問(wèn)題： 一個(gè) B 類錯(cuò)誤：Merging of Friedel Pairs is STRONGLY Indicated 解決方法：在 ins 文件中加入 MERG 3 重新精修一輪即可。 問(wèn)題： ABSTM02_ALERT_3_A Test not performed as the _exptl_absorpt_correction_type has not been identified. See test ABSTY_01. 解決方法：The absorption correction should be one of the following * none * analytical * integration * numerical * gaussian * empirical * psi-scan * multi-scan * refdelf * sphere * cylinder 問(wèn)題： Alert level A PLAT031_ALERT_4_A Refined Extinction Parameter within Range ...... 0.00 Sigma Alert level B PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O1 .. 21.64 su PLAT232_ALERT_2_B Hirshfeld Test Diff (M-X) Zn -- O2 .. 12.23 su 解決方法：第一個(gè)問(wèn)題在 INS 文件中把 EXTI 這行命令刪掉再修就可以了 后兩個(gè) B 類錯(cuò)誤可以在-lst 文件中 BOND 的下一行使用如寫命令，然后精修： ELMU Zn O1 Zn O2 SIMU 0.007 0.001 Zn O1 Zn O2 |
回復(fù)此樓» 收錄本帖的淘帖專輯推薦
 晶體解析的方法和疑問(wèn) | 測(cè)試 |
» 本帖已獲得的紅花（最新10朵）
crystclear» 猜你喜歡
中南大學(xué)化學(xué)化工學(xué)院易小藝教授課題組招收2026級(jí)博士研究生（第二輪）
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
求助
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
無(wú)機(jī)化學(xué)論文潤(rùn)色/翻譯怎么收費(fèi)?
已經(jīng)有152人回復(fù)
-
0703化學(xué)26考研調(diào)劑，一志愿南昌大學(xué)
已經(jīng)有2人回復(fù)
-
有沒有化學(xué)、材料專業(yè)的同學(xué)需要調(diào)劑 考慮天津高效的可以郵件或者私信
已經(jīng)有1人回復(fù)
-
26年博士招生
已經(jīng)有15人回復(fù)
-
江西理工大學(xué)功能晶態(tài)材料方向劉遂軍課題組招收2026年秋季入學(xué)博士研究生
已經(jīng)有10人回復(fù)
-
寧夏大學(xué)團(tuán)簇新材料團(tuán)隊(duì)招收材料/化學(xué)/化工專業(yè)博士生
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
MIL-101有單晶樣品嗎
已經(jīng)有0人回復(fù)
-
西北大學(xué)26年化學(xué)博士招生
已經(jīng)有2人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- 為什么單晶check cif-pdf與check cif-html對(duì)應(yīng)不起來(lái)？
已經(jīng)有0人回復(fù)
- 有關(guān)check cif 的問(wèn)題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- check cif 的問(wèn)題
已經(jīng)有2人回復(fù)
- check cif 的問(wèn)題
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 有關(guān)check cif 的問(wèn)題
已經(jīng)有4人回復(fù)
- 關(guān)于Check cif 的問(wèn)題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- check cif A類錯(cuò)誤解答
已經(jīng)有8人回復(fù)
- check cif B類錯(cuò)誤
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 填Cif，check cif問(wèn)題。
已經(jīng)有6人回復(fù)
- OLEX2解析晶體時(shí)check cif
已經(jīng)有8人回復(fù)
- Check cif
已經(jīng)有2人回復(fù)
- 多個(gè)晶體的cif合并到一個(gè)cif內(nèi)無(wú)法check cif?
已經(jīng)有4人回復(fù)
- check cif 中的錯(cuò)誤
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 請(qǐng)教關(guān)于check cif report 問(wèn)題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- check cif 求助
已經(jīng)有2人回復(fù)
- check cif 遇到的問(wèn)題
已經(jīng)有7人回復(fù)
- Check cif 中遇到的問(wèn)題
已經(jīng)有1人回復(fù)
- check cif 中的A類錯(cuò)誤
已經(jīng)有5人回復(fù)
趙明霞
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 3921.6
- 散金: 40
- 紅花: 1
- 帖子: 251
- 在線: 145.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 617576
- 注冊(cè): 2008-10-05
- 性別: MM
- 專業(yè): 藥物化學(xué)
7樓2016-05-21 08:23:35
I伏潤(rùn)德
新蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 1 (幼兒園)
- 金幣: 74.8
- 帖子: 58
- 在線: 20.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 3623672
- 注冊(cè): 2015-01-02
- 性別: GG
- 專業(yè): 其他無(wú)機(jī)非金屬材料
2樓2016-03-22 19:52:41
匿名
用戶注銷 (知名作家)
精修問(wèn)題可私信
- CMEI: 2
- 應(yīng)助: 2712 (講師)
- 貴賓: 0.836
- 金幣: 38475.5
- 散金: 1801
- 紅花: 400
- 帖子: 5825
- 在線: 1932.4小時(shí)
- 蟲號(hào): 0
- 注冊(cè): 2008-10-05
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物分析
- 管轄: 晶體
3樓2016-03-22 22:05:43
daxin8807
木蟲 (小有名氣)
- 應(yīng)助: 4 (幼兒園)
- 金幣: 1608.5
- 散金: 144
- 紅花: 4
- 帖子: 252
- 在線: 114.6小時(shí)
- 蟲號(hào): 957692
- 注冊(cè): 2010-02-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 無(wú)機(jī)化學(xué)
|
嗯 這個(gè)是挺有幫助的～～不過(guò)對(duì)于經(jīng)驗(yàn)不足的同學(xué)可能還是不知道怎么解決，有時(shí)候就是一個(gè)命令很簡(jiǎn)單就解決了 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
4樓2016-03-23 05:38:22
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑，求各位老師收留 +10 | 秋有木北 2026-03-14 | 10/500 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 354求調(diào)劑 +4 | Tyoumou 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 321求調(diào)劑 +3 | 何潤(rùn)采123 2026-03-18 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +11 | 冬十三 2026-03-15 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章 +7 | rare12345 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +4 | 材化逐夢(mèng)人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 材料，紡織，生物（0856、0710），化學(xué)招生啦 +3 | Eember. 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 334求調(diào)劑 +3 | 志存高遠(yuǎn)意在機(jī)?/a> 2026-03-16 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國(guó)獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級(jí)立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 290求調(diào)劑 +6 | 孔志浩 2026-03-12 | 11/550 |
|
|
|
[考研] 一志愿，福州大學(xué)材料專碩339分求調(diào)劑 +3 | 木子momo青爭(zhēng) 2026-03-15 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +5 | 時(shí)間點(diǎn) 2026-03-13 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 藥學(xué)383 求調(diào)劑 +3 | 藥學(xué)chy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +3 | 文思客 2026-03-16 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +4 | ahbd 2026-03-14 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 中科院材料273求調(diào)劑 +4 | yzydy 2026-03-15 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工 求調(diào)劑 +13 | enenenhui 2026-03-13 | 14/700 |
|
|
|
[考研] 中科大材料專碩319求調(diào)劑 +3 | 孟鑫材料 2026-03-13 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 295求調(diào)劑 +3 | 小匕仔汁 2026-03-12 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 070303一志愿西北大學(xué)學(xué)碩310找調(diào)劑 +3 | d如愿上岸 2026-03-13 | 3/150 |
|