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kiss小乖鐵蟲(chóng) (小有名氣)
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[求助]
MM-PBSA求助
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各位過(guò)路大神： 菜鳥(niǎo)前來(lái)求助MM-PBSA，具體情況：底物和蛋白共價(jià)結(jié)合，且含有一個(gè)關(guān)鍵水分子，利用教程生成了 non-standard residue 的參數(shù)文件，跑完MD，最后卡死在MM-PBSA計(jì)算上了，我的處理方式是把受體和配體分別保存并生成相應(yīng)的prmtop文件，在生成complex的prmtop文件時(shí)使用了bond命令，并刪掉了關(guān)鍵水分子，結(jié)果WT的MM-PBSA跑出來(lái)了，但是MT的就始終跑不出了，mdout文件中報(bào)錯(cuò)主要有：配體文件顯示PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted ；受體和復(fù)合物文件顯示PB Bomb in pb_atmlist(): maxnba too short。 上網(wǎng)檢索問(wèn)題，參考修改了fillratio（4改到2/1.5）和space（0.5改到0.75/1）的數(shù)值，可是結(jié)果就出現(xiàn)了PB Bomb in setgrd(): focusing grid too large ；PB warning in pb_miccg(): CG l_maxitn exceeded! 簡(jiǎn)直要吐血了，表示渣渣完全不知道問(wèn)題該怎么解決啊，跪求各路大神幫助��！ 補(bǔ)充： 運(yùn)行初期，下載中間產(chǎn)生的_MMPBSA_ligand.mdcrd，用VMD打開(kāi)相應(yīng)的prmtop文件和軌跡文件，完全沒(méi)問(wèn)題，可是等運(yùn)行進(jìn)行了一段時(shí)間，再繼續(xù)下載_MMPBSA_ligand.mdcrd，用同樣的prmtop文件以VMD打開(kāi)，發(fā)現(xiàn)就不對(duì)了，不匹配了，到底是什么鬼？？？ |
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2樓2016-06-27 10:58:04
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