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kiss小乖

鐵蟲 (小有名氣)

應助: 0 (幼兒園)
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蟲號: 1143516
注冊: 2010-11-10
專業(yè): 生物化學

[求助] MM-PBSA求助

各位過路大神：
   菜鳥前來求助MM-PBSA，具體情況：底物和蛋白共價結合，且含有一個關鍵水分子，利用教程生成了 non-standard residue 的參數(shù)文件，跑完MD，最后卡死在MM-PBSA計算上了，我的處理方式是把受體和配體分別保存并生成相應的prmtop文件，在生成complex的prmtop文件時使用了bond命令，并刪掉了關鍵水分子，結果WT的MM-PBSA跑出來了，但是MT的就始終跑不出了，mdout文件中報錯主要有：配體文件顯示PB bomb in pb_setgrd(): Allocation aborted ；受體和復合物文件顯示PB Bomb in pb_atmlist(): maxnba too short。
上網檢索問題，參考修改了fillratio（4改到2/1.5）和space（0.5改到0.75/1）的數(shù)值，可是結果就出現(xiàn)了PB Bomb in setgrd(): focusing grid too large  ；PB warning in pb_miccg(): CG l_maxitn exceeded!
   簡直要吐血了，表示渣渣完全不知道問題該怎么解決啊，跪求各路大神幫助�。�
   補充：運行初期，下載中間產生的_MMPBSA_ligand.mdcrd，用VMD打開相應的prmtop文件和軌跡文件，完全沒問題，可是等運行進行了一段時間，再繼續(xù)下載_MMPBSA_ligand.mdcrd，用同樣的prmtop文件以VMD打開，發(fā)現(xiàn)就不對了，不匹配了，到底是什么鬼？？？

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1樓 2016-03-23 20:41:17

已閱回復此樓關注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

凱旋1029

鐵蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 光子與光電子器件

你好，我的自由能分析VDWAALS -746.6594 EEL 3414.9192
第二項的能量一直是正值，您知道為什么嗎？謝謝啦，弄了好久都不知道為什么

贊一下

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2樓2016-06-27 10:58:04