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prthefu木蟲 (著名寫手)
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[求助]
從轉(zhuǎn)錄組得到的一段基因方向是·····還有，怎樣判斷得到的基因是否是全長(zhǎng) 已有1人參與
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新手，想問一些幼稚的問題， 1. 從轉(zhuǎn)錄組中得到一段基因序列，這段序列的方向是從5'---3'還是3‘---5’��？ 2. 轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，得到的那些基因序列是mRNA嗎？ 3. 得到的一段基因序列，如何判斷是否為全長(zhǎng)？ 4. 得到的那一段基因在ORF finder中發(fā)現(xiàn)翻譯氨基酸的是它對(duì)應(yīng)的反向互補(bǔ)序列，那，在擴(kuò)增的時(shí)候是不是要按照反向互補(bǔ)序列來設(shè)計(jì)引物�。� 5. 反向互補(bǔ)序列翻譯氨基酸的時(shí)候，開頭是起始密碼子，但是在后面找不到終止密碼子，這是不是說明ORF不完整，基因也不是全長(zhǎng)��？ |
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【答案】應(yīng)助回帖
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1，我覺得，基因的方向是指位于基因組的哪條鏈上，只要知道基因序列比對(duì)一下基因組即可。 2.廣義的轉(zhuǎn)錄組是所有的轉(zhuǎn)錄的RNA，狹義的是mRNA.我理解的真核可以通過polyA得到，原核可能不全是mRNA，為去除rRNA和tRNA后的轉(zhuǎn)錄本。 3.全長(zhǎng)為起始密碼子至終止密碼子。 4.兩條鏈都參照。一對(duì)引物分別結(jié)合，擴(kuò)增之間的雙鏈。 5.我認(rèn)為是的。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2016-04-03 13:04:58
prthefu
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關(guān)于基因全長(zhǎng)，我想問，我有一段基因，是有起始密碼子和終止密碼子，但是在里面找閱讀框翻譯氨基酸的時(shí)候，發(fā)現(xiàn)最后閱讀框最后沒有終止密碼子，也就是閱讀框不完整，那豈不是也說明基因也并不是全長(zhǎng)啊 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
3樓2016-04-03 15:14:28
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終止密碼子是不翻譯的。全長(zhǎng)基因通常是ATG打頭，終止子TAA,或TGA,或TAG結(jié)束，之間的編碼序列為3的倍數(shù)。 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
4樓2016-04-05 10:07:38
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5樓2016-04-05 10:09:40
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6樓2016-11-01 09:25:25
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