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Masterarbeit

新蟲 (初入文壇)

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[交流] 鉆石分子動態(tài)建模已有2人參與

研究生畢業(yè)論文教授要求用mathematica進(jìn)行分子動力學(xué)建模。看了兩本書有了大概的思路。疑惑的是建模第一步計(jì)算立場計(jì)算一個(gè)分子的力場書上有基本的計(jì)算力場的方法也有一些由經(jīng)驗(yàn)來的比如mm amber 等簡化的立場。但是鉆石是晶體結(jié)構(gòu) 沒有分子式。我應(yīng)該怎樣處理這個(gè)問題，怎樣來計(jì)算鉆石的力場。還有公式里所有的參數(shù)在哪里能查到？希望前輩們能給提供幫助，初來乍到給沒有金幣可以貢獻(xiàn)。本人學(xué)的是機(jī)械系統(tǒng)工程教授給了我一個(gè)對于我來說全新的題目。希望能和大家多交流。

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1樓 2016-03-30 23:11:05

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

abinitio

版主 (著名寫手)

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管轄: 分子模擬

★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖

引用回帖:

6樓: Originally posted by Masterarbeit at 2016-04-05 14:49:54
謝謝你的回答，我是要用分子動力學(xué)來模擬金剛石內(nèi)部原子的運(yùn)動。我看了一些關(guān)于分子動力學(xué)建模的書。第一步就是計(jì)算分子勢能也就是立場，然后用verlet來求解。其中用了周期邊界條件。
關(guān)于你補(bǔ)充的兩點(diǎn)：
1. 需要 ...

我們一般是先建立一個(gè)小模型，比如8*8*8，每個(gè)單位是一個(gè)標(biāo)準(zhǔn)的金剛石結(jié)構(gòu)，原子坐標(biāo)為
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  0.25  0.75 0.75
  0.75  0.25 0.75
  0.75  0.75 0.25

對于無限延展，是要用周期性邊界條件，這個(gè)概念和算法在所有的md說明中都有介紹。
至于勢函數(shù)，一般是使用現(xiàn)成的，對于金剛石來說，常用的是sw和tersoff勢，具體你也自己查吧

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