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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 計算模擬區(qū) » 分子模擬 » 其他 » 鉆石分子動態(tài)建模
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Masterarbeit新蟲 (初入文壇)
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[交流]
鉆石分子動態(tài)建模 已有2人參與
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研究生畢業(yè)論文教授要求用mathematica進行分子動力學建模。 看了兩本書有了大概的思路。 疑惑的是 建模第一步計算立場 計算一個分子的力場書上有基本的計算力場的方法也有一些由經驗來的比如mm amber 等簡化的立場。 但是鉆石是晶體結構 沒有分子式。我應該怎樣處理這個問題，怎樣來計算鉆石的力場。還有公式里所有的參數在哪里能查到？ 希望前輩們能給提供幫助，初來乍到給沒有金幣可以貢獻。本人學的是機械系統工程教授給了我一個對于我來說全新的題目。希望能和大家多交流。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
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2樓2016-03-31 02:56:27
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能否再多給點信息？ 鉆石就是金剛石，一種結構的C，標準的金剛石結構是固定的，也很好建，如果單純建模也不需要力場，所以： 1、你的要求就只是建出模型就可以了？還是要有后續(xù)計算？ 2、你所說的模型要求多大？比如多少個原子或尺寸？ |
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4樓2016-04-01 08:36:46
5樓2016-04-01 20:57:15
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謝謝你的回答，我是要用分子動力學來模擬金剛石內部原子的運動。 我看了一些關于分子動力學建模的書。 第一步就是計算分子勢能也就是立場，然后用verlet來求解。其中用了周期邊界條件。 關于你補充的兩點： 1. 需要力場來進行后續(xù)模擬。我很困惑因為金剛石是一個晶體結構，無限的延伸下去，我要怎么計算才能算是一個分子內部勢能，還是有什么簡化的方法？ 2.按照周期邊界條件是取一個九宮格，每個里面放置一些分子使每個格子里的分子密度和材料的分子密度保持一致。可是我這個不是一個分子啊，他是一個c一個c無限延伸下去的啊。 以上就是我很困惑的地方。謝謝指導。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
6樓2016-04-05 14:49:54
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我們一般是先建立一個小模型，比如8*8*8，每個單位是一個標準的金剛石結構，原子坐標為 0 0 0 0 0.5 0.5 0.5 0 0.5 0.5 0.5 0 0.25 0.25 0.25 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 0.75 0.75 0.75 0.25 對于無限延展，是要用周期性邊界條件，這個概念和算法在所有的md說明中都有介紹。 至于勢函數，一般是使用現成的，對于金剛石來說，常用的是sw和tersoff勢，具體你也自己查吧 |
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7樓2016-04-06 10:45:38
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8樓2016-04-08 04:18:22
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每個單位是這樣的。我所說的8*8*8是指在xyz三個方向上重復8次，當然你也可以多或者少 |
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9樓2016-04-08 08:00:27
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明白你的意思了，弄懂了邊界條件的建立，比如我要模擬3.3.3個晶胞就應該建立一個5.5.5的模型。我最近看了很多講tersoff的資料大多都是講了計算的原理和參數。對于怎樣建立坐標系模擬的具體步驟并不清楚。因為我是要用mathmatica來建模程序都要自己編寫。所以想知道坐標系怎么建立的。比如我要模擬一個5.5.5的金剛石模型大概有1000多個原子，每個原子的坐標我都要自己計算出來嗎？ 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
10樓2016-04-10 17:47:19
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