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Catherine-ru金蟲(chóng) (小有名氣)
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數(shù)據(jù)復(fù)用|這66張芯片數(shù)據(jù)找完內(nèi)參后還能干點(diǎn)啥？
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數(shù)洞研究院 數(shù)洞研究院正式登陸新版GCBI學(xué)院，其前身是領(lǐng)域聯(lián)盟實(shí)驗(yàn)室(包括肺癌、胃癌、肝癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌)。 數(shù)洞研究院最大的價(jià)值，是從文獻(xiàn)大數(shù)據(jù)、基因大數(shù)據(jù)分析得出具備指導(dǎo)性的可靠結(jié)果。我們希望在這里為大家提供具備復(fù)用價(jià)值的數(shù)據(jù)，以供各位參考使用。 推薦理由 1、本文的主要目的是使用芯片數(shù)據(jù)和PCR數(shù)據(jù)做比較，所以并沒(méi)有對(duì)這批肺腺癌樣本做深入的挖掘； 2、本文中的有27對(duì)癌和癌旁的配對(duì)樣本，可以用于做訓(xùn)練組初篩結(jié)果，也可以作為驗(yàn)證組驗(yàn)證自有結(jié)果。 文獻(xiàn)信息 Selection of DDX5 as a novel internal control for Q-RT-PCR from microarray data using a block bootstrap re-sampling scheme PMID: 17540040 影響因子：3.986 背景：芯片技術(shù)的發(fā)展讓我們能夠從全基因組水平去檢測(cè)轉(zhuǎn)錄組。Q-RT-PCR是一個(gè)最常用的驗(yàn)證芯片結(jié)果的途徑。基因的定量分析面臨的新的挑戰(zhàn)是如何精確的結(jié)合芯片研究中的統(tǒng)計(jì)性估計(jì)。在統(tǒng)計(jì)分析的領(lǐng)域里，芯片探針?biāo)綐?biāo)準(zhǔn)化有多種方法，不同的方法可能會(huì)導(dǎo)致明顯的目標(biāo)選擇的不同與芯片和Q-RT-PCR相關(guān)性數(shù)值的變化。此外，驗(yàn)證芯片結(jié)果過(guò)程中如何確定一個(gè)合適的內(nèi)參仍是一個(gè)主要挑戰(zhàn)。 結(jié)果：本文使用了66個(gè)肺腺癌組織RNA進(jìn)行了Affymetrix芯片檢測(cè)，使用統(tǒng)計(jì)重采樣方法進(jìn)行分析使檢測(cè)到的基因表達(dá)值差別最小。通過(guò)這種方法，我們驗(yàn)證了DDX5可以作為Q-RT-PCR新的內(nèi)參。我們挑選癌旁和癌癥組織中表達(dá)差異的23個(gè)基因，利用了24對(duì)肺腺癌樣本進(jìn)行了Q-RT-PCR實(shí)驗(yàn)，選用了DDX5 和 GAPDH作為內(nèi)參，結(jié)果顯示Q-RT-PCR與芯片結(jié)果的相關(guān)性分別為70%和48%。 結(jié)論：這些集中在差別最小化的Q-RT-PCR數(shù)據(jù)處理過(guò)程的定量化策略，應(yīng)該能夠顯著的促進(jìn)Q-RT-PCR驗(yàn)證芯片數(shù)據(jù)時(shí)內(nèi)參的評(píng)估和選擇。 樣本信息 樣本數(shù)量：66 GEO編號(hào)：GSE7670 物種：人  數(shù)據(jù)復(fù)用方案 1.項(xiàng)目GSE20189利用外周血研究肺腺癌，需要比對(duì)外周血和組織樣本的結(jié)果。  想要知道數(shù)據(jù)哪里找、怎么用，快來(lái)新版GCBI學(xué)院的“數(shù)洞研究院”看吧！ 需要查看方案運(yùn)行結(jié)果，請(qǐng)到實(shí)驗(yàn)室聯(lián)系服務(wù)顧問(wèn)，申請(qǐng)加入肺癌聯(lián)盟實(shí)驗(yàn)室。 史上最實(shí)在的買(mǎi)就送：ipad、iwatch、Kindle和迪士尼，你想要啥？ 是的 GCBI迎來(lái)了第一個(gè)周年慶 謝謝您的認(rèn)可 我將繼續(xù)和您同在 請(qǐng)收下我的禮物 不過(guò)，請(qǐng)問(wèn)你最想要哪個(gè)禮物呢？ 活動(dòng)詳見(jiàn)GCBI知識(shí)庫(kù) |
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