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Catherine-ru金蟲 (小有名氣)
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數(shù)據(jù)復(fù)用|這66張芯片數(shù)據(jù)找完內(nèi)參后還能干點啥？
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數(shù)洞研究院 數(shù)洞研究院正式登陸新版GCBI學(xué)院，其前身是領(lǐng)域聯(lián)盟實驗室(包括肺癌、胃癌、肝癌、乳腺癌、結(jié)直腸癌)。 數(shù)洞研究院最大的價值，是從文獻大數(shù)據(jù)、基因大數(shù)據(jù)分析得出具備指導(dǎo)性的可靠結(jié)果。我們希望在這里為大家提供具備復(fù)用價值的數(shù)據(jù)，以供各位參考使用。 推薦理由 1、本文的主要目的是使用芯片數(shù)據(jù)和PCR數(shù)據(jù)做比較，所以并沒有對這批肺腺癌樣本做深入的挖掘； 2、本文中的有27對癌和癌旁的配對樣本，可以用于做訓(xùn)練組初篩結(jié)果，也可以作為驗證組驗證自有結(jié)果。 文獻信息 Selection of DDX5 as a novel internal control for Q-RT-PCR from microarray data using a block bootstrap re-sampling scheme PMID: 17540040 影響因子：3.986 背景：芯片技術(shù)的發(fā)展讓我們能夠從全基因組水平去檢測轉(zhuǎn)錄組。Q-RT-PCR是一個最常用的驗證芯片結(jié)果的途徑�；虻亩糠治雒媾R的新的挑戰(zhàn)是如何精確的結(jié)合芯片研究中的統(tǒng)計性估計。在統(tǒng)計分析的領(lǐng)域里，芯片探針?biāo)綐?biāo)準(zhǔn)化有多種方法，不同的方法可能會導(dǎo)致明顯的目標(biāo)選擇的不同與芯片和Q-RT-PCR相關(guān)性數(shù)值的變化。此外，驗證芯片結(jié)果過程中如何確定一個合適的內(nèi)參仍是一個主要挑戰(zhàn)。 結(jié)果：本文使用了66個肺腺癌組織RNA進行了Affymetrix芯片檢測，使用統(tǒng)計重采樣方法進行分析使檢測到的基因表達值差別最小。通過這種方法，我們驗證了DDX5可以作為Q-RT-PCR新的內(nèi)參。我們挑選癌旁和癌癥組織中表達差異的23個基因，利用了24對肺腺癌樣本進行了Q-RT-PCR實驗，選用了DDX5 和 GAPDH作為內(nèi)參，結(jié)果顯示Q-RT-PCR與芯片結(jié)果的相關(guān)性分別為70%和48%。 結(jié)論：這些集中在差別最小化的Q-RT-PCR數(shù)據(jù)處理過程的定量化策略，應(yīng)該能夠顯著的促進Q-RT-PCR驗證芯片數(shù)據(jù)時內(nèi)參的評估和選擇。 樣本信息 樣本數(shù)量：66 GEO編號：GSE7670 物種：人  數(shù)據(jù)復(fù)用方案 1.項目GSE20189利用外周血研究肺腺癌，需要比對外周血和組織樣本的結(jié)果。  想要知道數(shù)據(jù)哪里找、怎么用，快來新版GCBI學(xué)院的“數(shù)洞研究院”看吧！ 需要查看方案運行結(jié)果，請到實驗室聯(lián)系服務(wù)顧問，申請加入肺癌聯(lián)盟實驗室。 史上最實在的買就送：ipad、iwatch、Kindle和迪士尼，你想要啥？ 是的 GCBI迎來了第一個周年慶 謝謝您的認可 我將繼續(xù)和您同在 請收下我的禮物 不過，請問你最想要哪個禮物呢？ 活動詳見GCBI知識庫 |
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