版塊導(dǎo)航: 正在加載中...

應(yīng)《網(wǎng)絡(luò)安全法》要求，自2017年10月1日起，未進(jìn)行實(shí)名認(rèn)證將不得使用互聯(lián)網(wǎng)跟帖服務(wù)。為保障您的帳號(hào)能夠正常使用，請(qǐng)盡快對(duì)帳號(hào)進(jìn)行手機(jī)號(hào)驗(yàn)證，感謝您的理解與支持！

24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜

北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

返回列表

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

[求助] shell腳本問(wèn)題

寫(xiě)shell腳本提交sge，但提交集群之后qstat顯示run一會(huì)就Eqw。剛剛接觸shell腳本，跟著書(shū)學(xué)了一遍，sge以及mpi用法都是臨時(shí)查網(wǎng)上的。主要疑問(wèn)有這幾個(gè)：
0，先說(shuō)我要做的，就是通過(guò)不同大小的k點(diǎn)數(shù)目來(lái)測(cè)試其在多少k點(diǎn)時(shí)候能量已經(jīng)開(kāi)始收斂。我的做法是把pwscf的腳本K_POINTS部分先刪掉成beta12.ktest.in文件，然后創(chuàng)建一個(gè)$k_points.in的文件存放不同的k點(diǎn)，然后用cat將原來(lái)pwscf腳本beta12.ktest.in文件連接起來(lái)成為一個(gè)新腳本conjunction.in。這些都通過(guò)for(())循環(huán)來(lái)用pw.x來(lái)執(zhí)行。
1，shell雖然都當(dāng)作字符處理但是我的np已經(jīng)聲明declare過(guò)了為何錯(cuò)誤提示還會(huì)說(shuō)Unable to read script file because of error: Numerical value invalid!
The initial portion of string "$np" contains no decimal number非十進(jìn)制？？？
2，若把#$ -pe orte8x $np定義并行環(huán)境，后改成數(shù)字就可以交但運(yùn)行后Eqw，投遞任務(wù)出錯(cuò)，這是什么意思？
4，我再寫(xiě)sge或者pbe環(huán)境變量時(shí)到底需要編寫(xiě)那些必要變量（網(wǎng)上雖然有一些但是都必要的么）集群上并沒(méi)有提示。
5，mpirun的用法上的理解，np是核數(shù)就是總共用np個(gè)核來(lái)計(jì)算，npool是通信池?cái)?shù)，就是把總的k點(diǎn)分成npl個(gè)塊來(lái)計(jì)算。np個(gè)核除以npl個(gè)塊就是每個(gè)塊用來(lái)計(jì)算的核數(shù)。是這個(gè)意思么？還有網(wǎng)上只有fortran和c的mpi編寫(xiě)，對(duì)于shell來(lái)說(shuō)調(diào)用mpi時(shí)候用什么解釋器么？還是說(shuō)其中的那個(gè)#$ -S /bin/bash/就夠了。
6，我有一個(gè)可以修改的腳本，但我希望能有朋友能幫忙解答一下問(wèn)題，當(dāng)然您要是給現(xiàn)成的腳本我也謝謝，可我還是希望能得到答復(fù)。謝謝。

#! /bin/bash/
#$ -S /bin/bash/
declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"

#$ -pe orte8x $np
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q

if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*
fi

for((k=10;k <=30;k=k+10))
do

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat  beta12.ktest.in  $k.points.in > conjunction_$k.in

mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.2.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out
  qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done

回復(fù)此樓

1樓 2016-05-08 23:40:13

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
module load intel/intel-ll
module load openmpi/intel-ll
export workdir=/home/oai/work/tmp/
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

#$ -pe orte 4
#$ -N beta12.kpoints.in
#$ -cwd
#$ -o /home/oai/work/tmp/outdir/err.out
#$ -j y
#$ -l h_cpu=12:00:00
#$ -q para0.q

declare -i np=128
declare -i npl=16
np=${np}*1
npl=${npl}*1
INPUT_PATH="pwd"

if [ -f conjunction* ]
then rm -f conjunction*
fi

for((k=10;k <=30;k=k+10))
do

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat beta12.ktest.in $k.points.in > conjunction_$k.in

mpirun -np ${np} home/oai/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool $npl <$INPUT_PATH/conjunction_$k.in >> $INPUT_PATH/beta12.vcrelax_$k.out

qsub $INPUT_PATH/beta12.kpoints.in
done
這是按照集群要求新修改的

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2016-05-09 12:09:55

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

求助

回復(fù)此樓

3樓2016-05-11 12:31:42

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

已解決

回復(fù)此樓

4樓2016-05-19 13:06:12

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

cugmsn

木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 7137.4
散金: 23
紅花: 3
帖子: 1371
在線: 511.4小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 262897
注冊(cè): 2006-07-01
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

曲高和寡

發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端

回復(fù)此樓

Don't stay in step,the profect partner is waiting there.

5樓2016-05-19 19:59:19

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

cugmsn

木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)

應(yīng)助: 2 (幼兒園)
金幣: 7137.4
散金: 23
紅花: 3
帖子: 1371
在線: 511.4小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 262897
注冊(cè): 2006-07-01
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

4樓: Originally posted by 新豐客 at 2016-05-19 13:06:12
已解決

可以分享一下正確的腳本嗎？

發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端

贊一下

回復(fù)此樓

Don't stay in step,the profect partner is waiting there.

6樓2016-05-19 20:00:29

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

6樓: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正確的腳本嗎？
...

其實(shí)把if以及for格式寫(xiě)正確就沒(méi)什大錯(cuò)誤了，寫(xiě)成提交腳本的形式更好

贊一下

回復(fù)此樓

7樓2016-05-23 13:58:15

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

新豐客

木蟲(chóng) (小有名氣)

應(yīng)助: 1 (幼兒園)
金幣: 4069.3
紅花: 2
帖子: 124
在線: 88.6小時(shí)
蟲(chóng)號(hào): 3016715
注冊(cè): 2014-03-04
性別: GG
專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)

引用回帖:

6樓: Originally posted by cugmsn at 2016-05-19 20:00:29
可以分享一下正確的腳本嗎？
...

#! /bin/sh
#$ -S /bin/sh
#module load intel/intel-11
#module load openmpi/intel-11
export workdir=`pwd`
export OMP_NUM_THREADS=1
export MKL_NUM_THREADS=1

nps=32
npls=4

NAME=pai3
if [ -f ${NAME} ]
then
rm -fr ${NAME}
else
mkdir ${NAME}
fi

cp ${NAME}.ktest.in `pwd`/${NAME}
cd `pwd`/${NAME}
#echo `pwd`
#echo "$workdir"

for (( k=10;k <=100;k=k+5 ))
do

cat > QSUB_${NAME}_kpoints_$k << LLL

#$ -pe orte8x 32
#$ -N kpoints
#$ -cwd
#$ -j y
#$ -l h_cpu=36:00:00
#$ -q para1.q

if [ -f *conjunction* ]
then rm -f *conjunction*
fi

if [ -f ${k}.points.in ]
then rm -f ${k}.points.in
fi

cat > $k.points.in << EOF
K_POINTS {automatic}
$k $k 1 1 1 1
EOF

cat ${NAME}.ktest.in $k.points.in > ${NAME}_conjunction_$k.in

mpirun -np ${nps} /home/gm/work/software/espresso-5.1/bin/pw.x -npool ${npls} <`pwd`/${NAME}_conjunction_$k.in >> `pwd`/${NAME}_vcrelax_$k.out

echo "$INPUT_PAHT"

rm -f $k.points.in ${NAME}_conjunction_$k.in
LLL

echo "`$workdir`"
#echo `pwd`
#echo "$INPUT_PATH"
qsub `pwd`/QSUB_${NAME}_kpoints_$k
#echo "$workdir"
done

贊一下

回復(fù)此樓

8樓2016-05-23 14:01:26

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn) 我要訂閱樓主新豐客的主題更新

返回列表

普通表情龍兔虎貓

最具人氣熱帖推薦 [查看全部]		作者	回/看	最后發(fā)表

[考研] 環(huán)境285分，過(guò)六級(jí)，求調(diào)劑 +6	xhr12 2026-04-02	6/300	2026-04-02 13:38 by sun200805022
[考研] 一志愿北京科技大學(xué)085601材料工程英一數(shù)二初試總分335求調(diào)劑 +9	雙馬尾痞老板2 2026-04-01	9/450	2026-04-02 12:14 by oooqiao
[考研] 材料科學(xué)與工程調(diào)劑 +18	深V宿舍吧 2026-03-30	19/950	2026-04-02 10:28 by sanrepian
[考研] 337求調(diào)劑 +11	《樹(shù)》 2026-03-29	11/550	2026-04-02 10:20 by 不吃魚(yú)的貓
[考研] 材料求調(diào)劑 +10	呢呢妮妮 2026-04-01	13/650	2026-04-02 09:17 by olim
[考研] 266分求材料化工冶金礦業(yè)等專業(yè)的調(diào)劑 +7	哇呼哼呼哼 2026-03-26	7/350	2026-04-01 20:47 by cqupH
[考研] 0703求調(diào)劑 +4	zizimo 2026-03-31	4/200	2026-04-01 16:04 by yanflower7133
[考研] 英一數(shù)二生物信息學(xué)287分，本科生物科學(xué)，求調(diào)劑 +3	碧水xyz 2026-03-29	4/200	2026-04-01 15:35 by plum
[考研] 材料專碩306英一數(shù)二 +7	z1z2z3879 2026-03-31	7/350	2026-04-01 14:50 by ZXlzxl0425
[考研] 材料調(diào)劑 +11	一樣YWY 2026-03-31	11/550	2026-04-01 11:35 by wangjy2002
[考研] 346求調(diào)劑一志愿070303有機(jī)化學(xué) +11	蘿卜燉青菜 2026-03-28	12/600	2026-03-31 17:54 by xhai2011
[考研] 本科211生物醫(yī)學(xué)工程085409求調(diào)劑339分 +7	里子木yy 2026-03-29	7/350	2026-03-31 14:35 by fmesaito
[考研] 266分，求材料冶金能源化工等調(diào)劑 +8	哇呼哼呼哼 2026-03-27	10/500	2026-03-31 13:35 by Huaxue_Wang
[考研] 370求調(diào)劑 +3	080700調(diào)劑 2026-03-30	3/150	2026-03-31 01:09 by A_Zhe
[有機(jī)交流] 甲基亞磺磺酸鈉和甲基磺酸酯反應(yīng)機(jī)理 10+3	kaobao456 2026-03-29	4/200	2026-03-30 23:16 by nBu鋰
[考研] 304材料求調(diào)劑 +5	鐘llll 2026-03-26	5/250	2026-03-30 19:37 by 源_2020
[考研] 293求調(diào)劑 +3	末未mm 2026-03-30	5/250	2026-03-30 17:23 by 王保杰33
[考研] 331環(huán)境科學(xué)與工程求調(diào)劑 +3	熠然好運(yùn)氣 2026-03-27	3/150	2026-03-28 04:11 by fmesaito
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +4	起個(gè)名咋這么難 2026-03-27	4/200	2026-03-27 21:39 by 83503孫老師
[考研] 285求調(diào)劑 +4	AZMK 2026-03-27	7/350	2026-03-27 20:59 by AZMK

24小時(shí)熱門(mén)版塊排行榜

[求助] shell腳本問(wèn)題

» 收錄本帖的淘帖專輯推薦

» 猜你喜歡

» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助: