 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 1047 | 回復(fù): 2 | |||
[交流]
請教一個(gè)VASP腳本問題，謝謝~ 已有2人參與
|
|
剛接觸VASP，對(duì)linux SHELL也不是很熟，故在此請教： 如下有兩文件，第一個(gè)是常見的vasp運(yùn)行PBS ； 第二個(gè)是好像是用來進(jìn)行ENCUT 收斂情況的測試（或類似其他測試）。 請問怎樣這兩個(gè)合成一個(gè)PBS呢？也就是要仍以PBS運(yùn)行VASP。謝謝~ PS: 沒金幣只好發(fā)成資源帖 #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp ---------------------------------------------------------- #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
08工學(xué)調(diào)劑
已經(jīng)有17人回復(fù)
-
340求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
311求調(diào)劑
已經(jīng)有3人回復(fù)
-
0805 316求調(diào)劑
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
食品專碩 一志愿雙一流 328
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
材料調(diào)劑
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
300分，材料，求調(diào)劑，英一數(shù)二
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
求調(diào)劑，一志愿:南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩，總分289分
已經(jīng)有5人回復(fù)
-
085600材料與化工調(diào)劑
已經(jīng)有13人回復(fù)
-
材料與化工考研調(diào)劑
已經(jīng)有7人回復(fù)
» 本主題相關(guān)價(jià)值貼推薦，對(duì)您同樣有幫助:
- P4VASP windows版本
已經(jīng)有12人回復(fù)
- 推薦幾個(gè)vasp處理計(jì)算結(jié)果的python腳本
已經(jīng)有66人回復(fù)
- vasp中有關(guān)自旋
已經(jīng)有31人回復(fù)
- 用vasp腳本算極化強(qiáng)度，腳本出錯(cuò)，急死了
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 請問同做vasp模擬的大牛們一個(gè)vasp的錯(cuò)誤提示是什么意思
已經(jīng)有7人回復(fù)
- VASP中腳本程序問題
已經(jīng)有14人回復(fù)
- VASP靜態(tài)自洽計(jì)算收斂特慢！
已經(jīng)有31人回復(fù)
- 提取VASP計(jì)算前后的坐標(biāo)轉(zhuǎn)換腳本（shell）
已經(jīng)有9人回復(fù)
- vasp計(jì)算只用一個(gè)K點(diǎn)怎么設(shè)置？
已經(jīng)有8人回復(fù)
- 求VASP腳本文件
已經(jīng)有5人回復(fù)
- VASP 運(yùn)行報(bào)錯(cuò)
已經(jīng)有11人回復(fù)
- 測試POSCAR的腳本不運(yùn)行
已經(jīng)有10人回復(fù)
- VASP計(jì)算時(shí)的幾個(gè)細(xì)節(jié)設(shè)置問題，希望有經(jīng)驗(yàn)的人過來指點(diǎn)一下！
已經(jīng)有23人回復(fù)
- 【求助成功】vasp測試K點(diǎn)收斂性的腳本問題
已經(jīng)有20人回復(fù)
- 【其他】關(guān)于MS和VASP的比較
已經(jīng)有6人回復(fù)
- 【求助】vasp優(yōu)化晶格參數(shù)a
已經(jīng)有13人回復(fù)
燈塔守望者
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 1ST強(qiáng)帖: 2
- 應(yīng)助: 28 (小學(xué)生)
- 貴賓: 0.015
- 金幣: 5815
- 散金: 51
- 紅花: 40
- 帖子: 511
- 在線: 943.5小時(shí)
- 蟲號(hào): 577747
- 注冊: 2008-06-27
- 性別: GG
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性 II ：電子結(jié)構(gòu)
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
合并會(huì)造成一個(gè)問題就是提交作業(yè)之后，還沒有算，就開始執(zhí)行讀取total energy 命令。除非你加入反饋代碼，VASP每計(jì)算完畢一次反饋給shell,之后再執(zhí)行讀取操作。建議你提交和讀取分兩次進(jìn)行，代碼還需修改一下。 我寫一個(gè)，供參考，些許有小錯(cuò)，根據(jù)情況修改。 (1) 提交腳本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do mkdir $i cd $i cp ../POSCAR . cp ../KPOINTS . cp ../POTCAR . cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! bash ../vasp_pbs.sh cd .. done （2）讀取腳本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do cd $i echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>../comment cd .. done （3）提交作業(yè)腳本vasp_pbs.sh #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp |
2樓2014-05-22 11:13:55
bluewhale
鐵桿木蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 58 (初中生)
- 金幣: 8438.3
- 散金: 50
- 紅花: 10
- 帖子: 890
- 在線: 362.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 278289
- 注冊: 2006-09-10
- 專業(yè): 凝聚態(tài)物性I:結(jié)構(gòu)、力學(xué)和
★
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
小木蟲: 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
|
正規(guī)的做法是用-Ｗ選項(xiàng)，見下： It is possible to start a job on the condition that another one completes beforehand; this may be necessary for instance if the input to one job is generated by another job. Job dependency is defined in PBS using the -W flag. To illustrate with an example, suppose you need to start a job using the script second_job.sh after another job finished successfully. Assume the first job is started using script first_job.sh and the command to start the first job $ qsub first_job.sh returns the job ID 7777. Then, the command to start the second job is $ qsub -W depend=afterok:7777 second_job.sh This job dependency can be further automated (possibly to be included in a bash script) using environment variables: JOB_ID_1=`qsub first_job.sh` JOB_ID-2=`qsub -W depend=afterok:$JOB_ID_1 second_job.sh` |
3樓2014-05-22 18:18:25
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 mlbiao 的主題更新
| 3 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 070300化學(xué)求調(diào)劑 +9 | 苑豆豆 2026-03-20 | 9/450 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 300求調(diào)劑，材料科學(xué)英一數(shù)二 +5 | leaflight 2026-03-24 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 284求調(diào)劑 +10 | Zhao anqi 2026-03-22 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 生物學(xué)一志愿985，分?jǐn)?shù)349求調(diào)劑 +6 | zxts12 2026-03-21 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 336化工調(diào)劑 +4 | 王大坦1 2026-03-23 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 333求調(diào)劑 +6 | 87639 2026-03-21 | 10/500 |
|
|
|
[考研] 276求調(diào)劑 +3 | YNRYG 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中農(nóng)業(yè)071010，總分320求調(diào)劑 +5 | 困困困困坤坤 2026-03-20 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 319求調(diào)劑 +4 | 小力氣珂珂 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 考研調(diào)劑 +4 | 來好運(yùn)來來來 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)調(diào)劑 +4 | 妮妮ninicgb 2026-03-21 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 297求調(diào)劑 +3 | 喜歡還是不甘心 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 0703化學(xué)297求調(diào)劑 +3 | Daisy☆ 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 材料 271求調(diào)劑 +5 | 展信悅_ 2026-03-21 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 332求調(diào)劑 +3 | 鳳凰院丁真 2026-03-20 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿南昌大學(xué)，327分，材料與化工085600 +9 | Ncdx123456 2026-03-19 | 9/450 |
|
|
|
[考研] 中南大學(xué)化學(xué)學(xué)碩337求調(diào)劑 +3 | niko- 2026-03-19 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +5 | @taotao 2026-03-20 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 招收調(diào)劑碩士 +4 | lidianxing 2026-03-19 | 12/600 |
|
|
|
[考研] 本科鄭州大學(xué)物理學(xué)院，一志愿華科070200學(xué)碩，346求調(diào)劑 +4 | 我不是一根蔥 2026-03-18 | 4/200 |
|