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mlbiao新蟲(chóng) (初入文壇)
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[交流]
請(qǐng)教一個(gè)VASP腳本問(wèn)題，謝謝~ 已有2人參與
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剛接觸VASP，對(duì)linux SHELL也不是很熟，故在此請(qǐng)教： 如下有兩文件，第一個(gè)是常見(jiàn)的vasp運(yùn)行PBS ； 第二個(gè)是好像是用來(lái)進(jìn)行ENCUT 收斂情況的測(cè)試（或類(lèi)似其他測(cè)試）。 請(qǐng)問(wèn)怎樣這兩個(gè)合成一個(gè)PBS呢？也就是要仍以PBS運(yùn)行VASP。謝謝~ PS: 沒(méi)金幣只好發(fā)成資源帖 #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp ---------------------------------------------------------- #!/bin/sh rm WAVECAR for i in 150 200 250 300 350 400 do cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>comment done |
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bluewhale
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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正規(guī)的做法是用-Ｗ選項(xiàng)，見(jiàn)下： It is possible to start a job on the condition that another one completes beforehand; this may be necessary for instance if the input to one job is generated by another job. Job dependency is defined in PBS using the -W flag. To illustrate with an example, suppose you need to start a job using the script second_job.sh after another job finished successfully. Assume the first job is started using script first_job.sh and the command to start the first job $ qsub first_job.sh returns the job ID 7777. Then, the command to start the second job is $ qsub -W depend=afterok:7777 second_job.sh This job dependency can be further automated (possibly to be included in a bash script) using environment variables: JOB_ID_1=`qsub first_job.sh` JOB_ID-2=`qsub -W depend=afterok:$JOB_ID_1 second_job.sh` |
3樓2014-05-22 18:18:25
燈塔守望者
鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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合并會(huì)造成一個(gè)問(wèn)題就是提交作業(yè)之后，還沒(méi)有算，就開(kāi)始執(zhí)行讀取total energy 命令。除非你加入反饋代碼，VASP每計(jì)算完畢一次反饋給shell,之后再執(zhí)行讀取操作。建議你提交和讀取分兩次進(jìn)行，代碼還需修改一下。 我寫(xiě)一個(gè)，供參考，些許有小錯(cuò)，根據(jù)情況修改。 (1) 提交腳本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do mkdir $i cd $i cp ../POSCAR . cp ../KPOINTS . cp ../POTCAR . cat > INCAR <<! SYSTEM = Si-Diamond ENCUT = $i ISTART = 0 ; ICHARG = 2 ISMEAR = -5 PREC = Accurate ! bash ../vasp_pbs.sh cd .. done （2）讀取腳本 #!/bin/sh cd=`pwd` for i in 150 200 250 300 350 400 do cd $i echo "ENCUT = $i eV" ; time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f \n", $5 }'' echo $i $E >>../comment cd .. done （3）提交作業(yè)腳本vasp_pbs.sh #PBS -N vasp #PBS -j oe #PBS -l nodes=5:ppn=8 source /public/software/profile.d/intel-env.sh source /public/software/profile.d/openmpi-intel-env.sh NP='cat $PBS_NODEFILE | wc -l' cd $PBS_O_WORKDIR mpirun -np -$NP -machinefile $PBS_NODEFILE /public/software/vasp5.2/vasp |
2樓2014-05-22 11:13:55
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