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VASP中腳本程序問(wèn)題
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我初學(xué)VASP，看侯老師的教程中有時(shí)候需要編寫腳本程序，比如優(yōu)化晶格常數(shù)有如下腳本：#!/bin/sh rm wAVECAR for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30 do cat>POSCAR< Al-fcc $i 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 0.5 0.5 0.5 0.0 1 Direct 0.0 0.0 0.0 ! echo "a=$i angstrom";time vasp E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}'' V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}'' echo $V $E>>EtVo.dat done 我想問(wèn)的是這個(gè)是寫在POSCAR文件里嗎？如果不是的話就是另寫一個(gè)腳本吧？我們學(xué)校的高性能計(jì)算中心利用PBS提交作業(yè)，請(qǐng)問(wèn)如果另寫一個(gè)腳本的話我的PBS文件中應(yīng)該加入什么命令呢？謝謝了 |
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這種小程序是隨便建個(gè)文檔寫入，寫完保存后變成執(zhí)行文件就好 最后，關(guān)于pbs上面如何提交作業(yè)的話我是這樣寫的，你可以參考下 #!/bin/sh #PBS -N vasp #PBS -d ./ #PBS -o ./ #PBS -e ./ #PBS -l nodes=1:ppn=4 #PBS -l walltime=10:00:00 #PBS -l mem= #PBS -q serique #PBS -V ulimit -s unlimited source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh source /opt/intel/mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh source /opt/intel/impi/3.2.2/bin64/mpivars.sh EXEC=/***/***/vasp_5.2 ################################################################ rm WAVECAR for i in 250 300 350 400 450 500 550 600 do cat > INCAR <<! System = Si ENCUT = $i ISTART = 0 ICHARG = 2 ISMEAR = 0 SIGMA = 0.1 PREC = Accurate ! echo "ENCUT = $i eV" ; /***/***/ vasp_5.2(這里是寫vasp的路徑，你自己是什么寫什么) E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'` KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'` echo $i $KP $E >> comment done |
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