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aminibuck

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[求助] VASP中腳本程序問題

我初學(xué)VASP，看侯老師的教程中有時候需要編寫腳本程序，比如優(yōu)化晶格常數(shù)有如下腳本：#!/bin/sh
rm  wAVECAR
for i in 3.80 3.85 3.90 3.95 4.00 4.05 4.10 4.15 4.20 4.25 4.30
do
cat>POSCAR< Al-fcc
$i
0.0  0.5  0.5
0.5  0.0  0.5
0.5  0.5  0.0
1
Direct
0.0  0.0  0.0
!
echo "a=$i angstrom";time vasp
E='grep "TOTEN" OUTCAR |tail -1|awk '{printf "%12.6f\n",$5}''
V='grep "volume" OUTCAR |tail -1|awk '{prinf "%12.4f\n",$5}''
echo $V $E>>EtVo.dat
done

我想問的是這個是寫在POSCAR文件里嗎？如果不是的話就是另寫一個腳本吧？我們學(xué)校的高性能計算中心利用PBS提交作業(yè)，請問如果另寫一個腳本的話我的PBS文件中應(yīng)該加入什么命令呢？謝謝了

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1樓 2013-12-03 21:53:46

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yh3166

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【答案】應(yīng)助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
aminibuck: 金幣+50, ★有幫助 2013-12-04 21:15:38

這種小程序是隨便建個文檔寫入，寫完保存后變成執(zhí)行文件就好
最后，關(guān)于pbs上面如何提交作業(yè)的話我是這樣寫的，你可以參考下
#!/bin/sh

#PBS -N vasp

#PBS -d ./

#PBS -o ./

#PBS -e ./

#PBS -l nodes=1:ppn=4

#PBS -l walltime=10:00:00

#PBS -l mem=

#PBS -q serique

#PBS -V

ulimit -s unlimited
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/iccvars_intel64.sh
source /opt/intel/Compiler/11.1/046/bin/intel64/ifortvars_intel64.sh
source /opt/intel/mkl/10.2.2.025/tools/environment/mklvarsem64t.sh
source /opt/intel/impi/3.2.2/bin64/mpivars.sh
EXEC=/***/***/vasp_5.2
################################################################
rm WAVECAR
for i in 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
System = Si
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
PREC = Accurate
!
echo "ENCUT = $i eV" ; /***/***/ vasp_5.2(這里是寫vasp的路徑，你自己是什么寫什么)
E=`grep "TOTEN" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%12.6f\n",$5}'`
KP=`grep "irreducible" OUTCAR | tail -1 | awk '{printf "%5i \n", $2 }'`
echo $i $KP $E >> comment
done

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2樓2013-12-04 20:55:11

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引用回帖:

2樓: Originally posted by yh3166 at 2013-12-04 20:55:11
這種小程序是隨便建個文檔寫入，寫完保存后變成執(zhí)行文件就好
最后，關(guān)于pbs上面如何提交作業(yè)的話我是這樣寫的，你可以參考下
#!/bin/sh

#PBS -N vasp

#PBS -d ./

#PBS -o ./

#PBS -e ./

#PBS -l n ...

你好，非常感謝你的回答。照你的意思是直接把腳本程序?qū)戇MPBS腳本里面是吧？那INCAR和KPOINTS這樣的文件也還是必須的吧？比如說按照你這個PBS模板是不是依舊還需要寫一個INCAR文件如下：
SYSTEM=Si
ENCUT=$i
ISTART=0
ICHARGE=2
ISMEAR=0;SIGMA=0.1
PREC=Accurate
請問是這樣理解嗎？

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3樓2013-12-04 21:15:15

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嗯，腳本寫進pbs里，其他INCAR,KPOINTS,POTCAR都還是要有的。

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4樓2013-12-05 08:49:30

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引用回帖:

3樓: Originally posted by aminibuck at 2013-12-04 21:15:15
你好，非常感謝你的回答。照你的意思是直接把腳本程序?qū)戇MPBS腳本里面是吧？那INCAR和KPOINTS這樣的文件也還是必須的吧？比如說按照你這個PBS模板是不是依舊還需要寫一個INCAR文件如下：
SYSTEM=Si
ENCUT=$i
IS ...

侯老師的cat > INCAR <<!
            。。。
            。。。
            ！          這個部分就是在寫INCAR。
其他幾個CAR，你要事先放在運行的目錄下。

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5樓2013-12-05 08:57:46

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引用回帖:

4樓: Originally posted by yh3166 at 2013-12-05 08:49:30
嗯，腳本寫進pbs里，其他INCAR,KPOINTS,POTCAR都還是要有的。

好的，謝謝。我自己試一試。

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6樓2013-12-05 09:32:44

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引用回帖:

5樓: Originally posted by djh434325996 at 2013-12-05 08:57:46
侯老師的cat > INCAR <<!
            。。。
            。。。
            ！          這個部分就是在寫INCAR。
其他幾個CAR，你要事先放在運行的目錄下。

...

謝謝，那PBS腳本里面是否還需要再次寫一遍？

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7樓2013-12-05 09:33:44

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7樓: Originally posted by aminibuck at 2013-12-05 09:33:44
謝謝，那PBS腳本里面是否還需要再次寫一遍？...

不用的，你這個腳本有POSCAR嗎，再說，你這個只是測試，還沒到真正計算

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8樓2013-12-05 15:07:53

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8樓: Originally posted by yh3166 at 2013-12-05 15:07:53
不用的，你這個腳本有POSCAR嗎，再說，你這個只是測試，還沒到真正計算...

嗯，我明白了，就拿你貼出來的PBS來說它會自動生成INCAR文件，無需再自己寫了。謝謝

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9樓2013-12-05 18:25:14

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7樓: Originally posted by aminibuck at 2013-12-05 09:33:44
謝謝，那PBS腳本里面是否還需要再次寫一遍？...

其他幾個CAR不用寫在PBS腳本里面
for i in 250 300 350 400 450 500 550 600
do
cat > INCAR <<!
System = Si
ENCUT = $i
ISTART = 0
ICHARG = 2
ISMEAR = 0
SIGMA = 0.1
PREC = Accurate
!
只是一個循環(huán)，測試不同的ECUT

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10樓2013-12-06 11:30:00

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