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小木蟲論壇-學術科研互動平臺 » 生物醫(yī)藥區(qū) » 微生物 » 實驗/技術 » 宏基因組測序
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宏基因組測序 已有1人參與
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技術簡介： 元基因組（宏基因組）學研究不要求對每個微生物進行分離、純化和培養(yǎng)，而是直接從樣品中提取基因組DNA后進行測序分析。通過元基因組測序，能夠揭示微生物群落多樣性、種群結構、進化關系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關系，極大地擴展了微生物學的研究范圍。 常規(guī)分析： 測序數(shù)據(jù)質控分析； 高質量序列的拼接和組裝； 對組裝后的contig序列（≥ 500 bp）進行基因預測； 預測基因的功能注釋、物種分類及豐度統(tǒng)計； COG功能分類和KEGG代謝途徑分析； 高級分析： 樣本間比較分析，差異基因或基因關聯(lián)群所對應的基因家族、代謝途徑、物種分類等； 優(yōu)勢物種基因組分析； 特定基因的進化分析； 個性化分析： 根據(jù)客戶需求進行個性化定制分析。 元基因組功能基因分析 基于最小冗余的最大相關性特征篩選方法（mRMR），構建50個腸道細菌標記基因的二型糖尿病分類系統(tǒng)，同時計算二型糖尿病分類指數(shù)，揭示腸道細菌的主要功能，并預測其與二型糖尿病的相關性。 特征菌群的組成及代謝通路分析 基于元基因組shotgun測序和16S 序列分析數(shù)據(jù)，門水平的物種分類展示了健康人體7個不同部位的微生物組成特征，并預測微生物組的代謝途徑，表明一些代謝途徑在不同的個體及身體部位普遍存在。 元基因組物種譜及豐度分析 利用Krona軟件展示北太平洋副熱帶環(huán)流細菌的元基因組物種分類及豐度信息。 比較元基因組分析 采用SnoWMAn軟件對16S序列相似性進行分析，比較地面環(huán)境（A）、醫(yī)療用具（B）和工作環(huán)境（C）的細菌組成差異。 特定基因進化分析 采用NarV基因和NifH基因的氨基酸序列構建最大似然系統(tǒng)發(fā)育樹，計算氨基酸位點替代速率，揭示氮循環(huán)相關的功能基因在元基因組中的進化關系。 |
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 腸道微生物 |
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2樓2019-06-26 16:14:45
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