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宏基因組測序 已有1人參與
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技術(shù)簡介： 元基因組（宏基因組）學(xué)研究不要求對(duì)每個(gè)微生物進(jìn)行分離、純化和培養(yǎng)，而是直接從樣品中提取基因組DNA后進(jìn)行測序分析。通過元基因組測序，能夠揭示微生物群落多樣性、種群結(jié)構(gòu)、進(jìn)化關(guān)系、功能活性及環(huán)境之間的相互協(xié)作關(guān)系，極大地?cái)U(kuò)展了微生物學(xué)的研究范圍。 常規(guī)分析： 測序數(shù)據(jù)質(zhì)控分析； 高質(zhì)量序列的拼接和組裝； 對(duì)組裝后的contig序列（≥ 500 bp）進(jìn)行基因預(yù)測； 預(yù)測基因的功能注釋、物種分類及豐度統(tǒng)計(jì)； COG功能分類和KEGG代謝途徑分析； 高級(jí)分析： 樣本間比較分析，差異基因或基因關(guān)聯(lián)群所對(duì)應(yīng)的基因家族、代謝途徑、物種分類等； 優(yōu)勢物種基因組分析； 特定基因的進(jìn)化分析； 個(gè)性化分析： 根據(jù)客戶需求進(jìn)行個(gè)性化定制分析。 元基因組功能基因分析 基于最小冗余的最大相關(guān)性特征篩選方法（mRMR），構(gòu)建50個(gè)腸道細(xì)菌標(biāo)記基因的二型糖尿病分類系統(tǒng)，同時(shí)計(jì)算二型糖尿病分類指數(shù)，揭示腸道細(xì)菌的主要功能，并預(yù)測其與二型糖尿病的相關(guān)性。 特征菌群的組成及代謝通路分析 基于元基因組shotgun測序和16S 序列分析數(shù)據(jù)，門水平的物種分類展示了健康人體7個(gè)不同部位的微生物組成特征，并預(yù)測微生物組的代謝途徑，表明一些代謝途徑在不同的個(gè)體及身體部位普遍存在。 元基因組物種譜及豐度分析 利用Krona軟件展示北太平洋副熱帶環(huán)流細(xì)菌的元基因組物種分類及豐度信息。 比較元基因組分析 采用SnoWMAn軟件對(duì)16S序列相似性進(jìn)行分析，比較地面環(huán)境（A）、醫(yī)療用具（B）和工作環(huán)境（C）的細(xì)菌組成差異。 特定基因進(jìn)化分析 采用NarV基因和NifH基因的氨基酸序列構(gòu)建最大似然系統(tǒng)發(fā)育樹，計(jì)算氨基酸位點(diǎn)替代速率，揭示氮循環(huán)相關(guān)的功能基因在元基因組中的進(jìn)化關(guān)系。 |
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2樓2019-06-26 16:14:45
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