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burubenpao木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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Mothur和qiime平臺(tái)計(jì)算的Alpha多樣性指數(shù)不一樣
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如題。 經(jīng)比較分析后發(fā)現(xiàn)Mothur和qiime里平臺(tái)simpson指數(shù)的計(jì)算公式不一樣。同一組數(shù)據(jù)用qiime(alpha_diversity.py)處理后shannon和simpson指數(shù)成正相關(guān)，而mothur的處理結(jié)果成負(fù)相關(guān)。有沒(méi)有童鞋遇到過(guò)同樣的問(wèn)題？ 目前有點(diǎn)兒困惑 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
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Simpson指數(shù)有三種形式：D, 1-D, 1/D, 第一種和香農(nóng)指數(shù)成正相關(guān)。qiime三種都可以算 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
3樓2016-09-03 05:51:02
burubenpao
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4樓2016-10-29 00:34:20
burubenpao
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5樓2016-10-29 00:35:01
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