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burubenpao木蟲 (著名寫手)
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[求助]
Mothur和qiime平臺計算的Alpha多樣性指數(shù)不一樣
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如題。 經(jīng)比較分析后發(fā)現(xiàn)Mothur和qiime里平臺simpson指數(shù)的計算公式不一樣。同一組數(shù)據(jù)用qiime(alpha_diversity.py)處理后shannon和simpson指數(shù)成正相關(guān),而mothur的處理結(jié)果成負(fù)相關(guān)。有沒有童鞋遇到過同樣的問題? 目前有點(diǎn)兒困惑 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
新蟲 (職業(yè)作家)
鐵桿木蟲 (著名寫手)
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Simpson指數(shù)有三種形式:D, 1-D, 1/D, 第一種和香農(nóng)指數(shù)成正相關(guān)。qiime三種都可以算 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
木蟲 (著名寫手)
木蟲 (著名寫手)
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