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Ccfreesia銅蟲 (小有名氣)
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[求助]
菜鳥求助。。。Dmol3研究汞在表面的吸附 已有1人參與
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1.用Dmol3研究汞在表面的吸附，直接畫汞原子粘貼到真空層中么？汞原子是否需要進行結(jié)構(gòu)優(yōu)化？在繪制汞原子的晶格時晶格常數(shù)根據(jù)什么確定呢？ 2.將汞原子粘貼到真空層的什么位置呢，是根據(jù)什么進行計算。。。 實驗室只有我一個人研究反應機理，全都靠自學。。。  苦于無人交流。。。許多問題比較低級希望大神不吝賜教啊。。。 |
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4樓2016-06-04 18:06:17
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5樓2016-06-04 22:11:40
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6樓2016-06-06 09:14:57
【答案】應助回帖
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
感謝參與，應助指數(shù) +1
Ccfreesia: 金幣+10, ★★★很有幫助 2016-06-06 12:56:26
感謝參與，應助指數(shù) +1
Ccfreesia: 金幣+10, ★★★很有幫助 2016-06-06 12:56:26
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1.add atom，原子結(jié)構(gòu)目前沒聽過需要優(yōu)化的，并不知道原子怎么優(yōu)化。對于表面吸附問題，晶格常數(shù)確定主要以各層不互相影響為依據(jù)（一般基底8-10埃）。 2.正常情況應該是根據(jù)基底確定需要討論的吸附位(占位)，對于單原子來講橋位B、四面體間隙位T、八面體間隙位O一般為常用吸附位。（放射性核素U在針鐵礦(010)表面吸附的第一性原理研究，說實話比其實是較水的論文，但是對完全的新手很有幫助）個人覺得這類模型而言create centroid 比較有用。 參照手冊，如果不想看的話在網(wǎng)上找中科大MS培訓教程，沒記錯的話第五節(jié)CO的表面吸附那個可以參考。參考國外第一原理的相似研究（基底吸附不同原子/分子、Ni吸附于不同基底）還有就是對于吸附體系來說，一般會考慮O2、H2O的參與對其產(chǎn)生的影響，是否會生成絡合物，絡合物與表面的結(jié)合方式。是否會被氧化成高價態(tài)離子等等都可以作為考慮因素。 個人一點不成熟的意見，僅供參考，望大牛斧正。 |
7樓2016-06-06 09:45:27
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單原子吸附的話橋位B是表面兩原子中間點，八面體間隙O選擇六個原子建中心點(creat centroid按鈕)，四面體間隙T吸附四個原子建中心點，把單原子加在中心點坐標處。 絡合物吸附的話，原子間距離參照簡單分子鍵長（CuCl2表面吸Hg，可參照HgCl2中Hg-Cl鍵長），鍵長可以參照文獻或?qū)嶒灲Y(jié)論，也可以自己建模進行幾何優(yōu)化，然后測鍵長。一些軟件（如gaussian）構(gòu)建的時候會有鍵長范圍，可以參照。 一般情況下，鍵長鍵角都會在幾何優(yōu)化后發(fā)生改變，使其達到較為穩(wěn)定的位置，進行幾何優(yōu)化以前的模型一般都比較粗略，鍵長鍵角都是大概的范圍，是否穩(wěn)定可以根據(jù)最終焓等性質(zhì)及幾何優(yōu)化后得到的.xtd文件輔助判斷(點play按鈕看鍵長鍵角變化)。 絡合物吸附時小分子相對于大分子的空間位置我現(xiàn)在也不是很懂，在網(wǎng)上查到的說是添加到近似合理的位置。問了老師但沒告訴我。。。 因為只接觸這個一年多一點，老師講的也不是很詳細。許多意見不一定準確，僅供參考。 |
9樓2016-06-06 13:36:18
Ccfreesia
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10樓2016-06-07 15:57:25
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