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wangzhou79鐵桿木蟲(chóng) (正式寫(xiě)手)
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[交流]
轉(zhuǎn)錄組數(shù)據(jù)中pathway category的選取咨詢(xún)，謝謝大家
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大家好，最近做了轉(zhuǎn)錄組測(cè)序，找華大做的，現(xiàn)在在pathway條目選取中遇到了點(diǎn)問(wèn)題，特來(lái)請(qǐng)教各位大牛。 在pathway的聚類(lèi)分析中，報(bào)告里給了顯著性檢測(cè)，p-value和q-value，其中p值是顯著性檢測(cè)，q值是假發(fā)現(xiàn)率，報(bào)告里的說(shuō)明了指出，以q值小于等于0.05的為顯著性聚類(lèi)，可是這樣一來(lái)，我的樣品中，能夠聚類(lèi)的條目只有一兩個(gè)，如果是只看p值的話(huà)，那還好點(diǎn)，不知道是否一定要以q值來(lái)選取聚類(lèi)條目呢，那些q>0.05而p＜0.05的條目是否有參考價(jià)值，還需要對(duì)這些條目做哪些進(jìn)一步分析，可以用來(lái)作為差異性的pathway來(lái)分析和寫(xiě)到文章里么？謝謝！ 另外，請(qǐng)教一下大牛們，轉(zhuǎn)錄組分析是不是不能只看公司的報(bào)告，自己還能做哪些分析，得到一些更好的信息，謝謝大家！ |
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+5 2016-06-24 22:28:48
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+5 2016-06-24 22:28:48
| KEGG分析一般在文章里只占很少一部分，除非差異基因所富集的通路結(jié)果與你的目的結(jié)果有很強(qiáng)的相關(guān)性。關(guān)于篩選標(biāo)準(zhǔn)，一般還是按Q值。Q值可以反映差異基因在該通路的富集程度，Q值越低，表明差異基因在該通路上富集程度越顯著。我有一篇文章是按Q<0.05, Q>0.05但P<0.05, P>0.05著三個(gè)標(biāo)準(zhǔn)把KEGG通路劃分成三個(gè)類(lèi)富集程度不同的大類(lèi)來(lái)分析的，你可以參考下。 |
7樓2016-06-18 21:58:45
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+5 2016-06-15 06:06:27
xn8008: 金幣+1, 支持積極回帖，不過(guò)希望以后把您的建議寫(xiě)在帖子里，供大家學(xué)習(xí)，謝謝 2016-06-15 10:29:49
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+5 2016-06-15 06:06:27
xn8008: 金幣+1, 支持積極回帖，不過(guò)希望以后把您的建議寫(xiě)在帖子里，供大家學(xué)習(xí)，謝謝 2016-06-15 10:29:49
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如果篩選出來(lái)的太少，就放寬條件，我也是做轉(zhuǎn)錄的，方便的話(huà)，留點(diǎn)信息，我加你 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
4樓2016-06-14 23:30:17
★
wangzhou79: 金幣+1 2016-06-15 06:06:09
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 本帖僅樓主可見(jiàn) |
2樓2016-06-13 09:06:41
★
wangzhou79: 金幣+1 2016-06-15 06:06:16
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| 祝福 |
3樓2016-06-13 12:26:00
wangzhou79
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5樓2016-06-15 06:12:54
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6樓2016-06-15 12:46:12
ygidtu
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小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+3 2016-06-24 22:31:34
小木蟲(chóng): 金幣+0.5, 給個(gè)紅包，謝謝回帖
wangzhou79: 金幣+3 2016-06-24 22:31:34
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一般都不采用p的，不論pq，0.05都是一道坎，可以嘗試放寬別的條件再做一次pathway富集 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
8樓2016-06-18 22:31:18
wangzhou79
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能否把你的文章發(fā)給我學(xué)習(xí)一下，謝謝！或者告訴我文章標(biāo)題，我來(lái)搜索下載，謝謝！ bio_nano@126.com 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶(hù)端 |
9樓2016-06-24 22:30:18
wangzhou79
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10樓2016-06-24 22:31:14
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