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請教個問題：動力學(xué)模擬time step和number of steps 的關(guān)系 已有1人參與
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| 麻煩請教個問題：動力學(xué)模擬時設(shè)置time step=0.5fs number of steps=2000 則總模擬時間為1ps和設(shè)置time step=1fs number of steps=1000 則總模擬時間也為1ps，這兩種設(shè)置有什么區(qū)別 哪個更精確呢,計(jì)算量哪個大一點(diǎn)，走的距離哪個遠(yuǎn)一點(diǎn)？謝謝！ |
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lisu555: 金幣+10, ★★★★★最佳答案, 好 謝謝 2016-06-22 08:56:56
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A) time step=0.5fs number of steps=2000 則總模擬時間為1ps B) time step=1fs number of steps=1000 則總模擬時間也為1ps 哪個精度高一些？ 一般來說設(shè)置A達(dá)到的精度高一些。 步長的設(shè)置主要依賴于體系的特征時間（頻率）。 例如： 模擬argon（特征頻率低），步長取到10fs都不會有什么問題； 模擬石墨烯（特征頻率高），步長大于1fs就很危險(xiǎn)了。 哪個計(jì)算量大？ 計(jì)算量基本與number of steps成正比， 故設(shè)置A需要兩倍于設(shè)置B的計(jì)算時間。 哪個走的“距離”遠(yuǎn)一點(diǎn)？ 忽略計(jì)算誤差的話，兩個設(shè)置在物理上是等價(jià)的。 |
2樓2016-06-21 03:33:37
 本帖僅樓主可見 |
3樓2016-06-22 16:11:02
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如果你想讓一個系統(tǒng)達(dá)到一個具有特定溫度的狀態(tài)，那必須控制溫度，所以不能用NVE系綜，而要用NVT系綜。一旦系統(tǒng)得到充分的弛豫(平衡)，再換成NVE系綜，一般來說系統(tǒng)會保持該特定溫度(除了有些漲落)。如果你的模擬盒子大小一開始無法確定，可以用NPT系綜根據(jù)設(shè)定的壓強(qiáng)自動確定盒子大小。但如果一開始你就知道盒子大小應(yīng)該是多少，可以直接用NVT系綜。這些都是指平衡階段。在產(chǎn)出階段，系綜的我選擇也依賴于你的目的。如果你想計(jì)算某種系綜下的平衡性質(zhì)，還是要用特定系綜。如果是計(jì)算輸運(yùn)系數(shù)之類，一般用NVE系綜，雖然其它系綜一般也能用�？傊�，系綜的理論比較復(fù)雜，最好多看書，看文獻(xiàn)，不可草率。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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lisu5557樓2016-06-23 05:02:16
8樓2016-06-23 16:42:47
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9樓2016-06-23 21:30:09
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