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請(qǐng)教個(gè)問題:動(dòng)力學(xué)模擬time step和number of steps 的關(guān)系 已有1人參與
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| 麻煩請(qǐng)教個(gè)問題:動(dòng)力學(xué)模擬時(shí)設(shè)置time step=0.5fs number of steps=2000 則總模擬時(shí)間為1ps和設(shè)置time step=1fs number of steps=1000 則總模擬時(shí)間也為1ps,這兩種設(shè)置有什么區(qū)別 哪個(gè)更精確呢,計(jì)算量哪個(gè)大一點(diǎn),走的距離哪個(gè)遠(yuǎn)一點(diǎn)?謝謝! |
分子動(dòng)力學(xué)模擬 |
專家顧問 (著名寫手)
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專家經(jīng)驗(yàn): +218 |
專家顧問 (著名寫手)
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A) time step=0.5fs number of steps=2000 則總模擬時(shí)間為1ps B) time step=1fs number of steps=1000 則總模擬時(shí)間也為1ps 哪個(gè)精度高一些? 一般來說設(shè)置A達(dá)到的精度高一些。 步長(zhǎng)的設(shè)置主要依賴于體系的特征時(shí)間(頻率)。 例如: 模擬argon(特征頻率低),步長(zhǎng)取到10fs都不會(huì)有什么問題; 模擬石墨烯(特征頻率高),步長(zhǎng)大于1fs就很危險(xiǎn)了。 哪個(gè)計(jì)算量大? 計(jì)算量基本與number of steps成正比, 故設(shè)置A需要兩倍于設(shè)置B的計(jì)算時(shí)間。 哪個(gè)走的“距離”遠(yuǎn)一點(diǎn)? 忽略計(jì)算誤差的話,兩個(gè)設(shè)置在物理上是等價(jià)的。 |
木蟲 (正式寫手)
專家顧問 (著名寫手)
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4樓: Originally posted by Ronny_chou at 2016-06-22 17:01:23 那可不可以這樣理解,保險(xiǎn)的做法是把time step設(shè)小一點(diǎn)?... 可以這樣說,但一般都用盡可能大的步長(zhǎng)。誰(shuí)也不想浪費(fèi)計(jì)算資源。在NVE系綜中做一個(gè)測(cè)試,如果總能相對(duì)漲落在十萬(wàn)分之一量級(jí),步長(zhǎng)就沒問題。一般來說,步長(zhǎng)越大,總能量漲落越大,計(jì)算越不精確。 [ 發(fā)自手機(jī)版 http://www.gaoyang168.com/3g ] |
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