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zdpdsg新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何使用oligo評(píng)價(jià)引物? 已有2人參與
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1.這是我用Vector NTI 設(shè)計(jì)的引物 但是擴(kuò)不出來(lái) 然后我用oligo7對(duì)這對(duì)引物評(píng)價(jià) 這是結(jié)果 看了一下 這對(duì)引物得分很低 只有8分? 然后我想問(wèn)的是 (1)這些參數(shù)我該怎么看 這些數(shù)據(jù)(絕對(duì)值)應(yīng)該是要高好 還是低好?我該如何判斷? Tm/tm: 65.7 64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM) ∆G/∆g (25 °C): -35.6 -34.3 kcal/mol ∆S/∆s: -452.6 -435.2 cal/°K * mol ∆H/∆h: -170.6 -164.1 kcal/mol 3\\\'∆G: -7.0 kcal/mol Degeneracy: 1 P.E.#: 536/536 1/E: 5.30 nmol/A260 34.0 μg/A260 (2)引物二聚體 發(fā)卡結(jié)構(gòu)等 還有什么參數(shù)在引物設(shè)計(jì)中必要著重關(guān)注的? 這些參數(shù)我該如何判斷? 2.用oligo7設(shè)計(jì)引物 效果好嗎? 好像比Vector NTI 更專業(yè)一些 因?yàn)槲覀儗?shí)驗(yàn)室的習(xí)慣是用Vector NTI 所以師兄師姐也只會(huì)用Vector NTI  我打算用oligo7再設(shè)計(jì)一遍引物 再合成一次引物 麻煩各位大佬 解答一下我的疑惑 謝謝 |
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2樓2016-08-19 20:14:54
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3樓2016-08-21 01:25:50
cm14704019
至尊木蟲 (知名作家)
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4樓2016-08-21 21:43:32
lanhaizhixin
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感覺Vector NTI里設(shè)計(jì)的不太靠譜，它可能只考慮引物自身的Tm，不考慮和產(chǎn)物的一起，而且二級(jí)結(jié)構(gòu)和穩(wěn)定性評(píng)價(jià)可能也不做。推薦用Primer5設(shè)計(jì)，設(shè)計(jì)出來(lái)的基本上用Oligo6驗(yàn)證差別大多也不會(huì)太大。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2016-08-22 02:12:56
想學(xué)好的學(xué)渣
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6樓2016-08-22 21:38:51
ccqqsunshine
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7樓2016-08-23 09:15:24
渣渣一枚
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8樓2018-04-02 19:02:20
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9樓2018-06-08 11:30:58
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【答案】應(yīng)助回帖
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以我的經(jīng)驗(yàn)為例，首先看看“melt graph”，設(shè)計(jì)引物一般5'或者中間能量比3'高，之后看看那個(gè)評(píng)分，大約600分以上就還可以，之后再點(diǎn)擊“ANALYSE”看看兩個(gè)引物之間堿基互補(bǔ)情況（不要超過(guò)四個(gè)連續(xù)互補(bǔ)），之后再看看有無(wú)二聚體，發(fā)夾結(jié)構(gòu)等 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
10樓2018-06-10 08:45:16
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