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zdpdsg新蟲 (初入文壇)
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[求助]
如何使用oligo評價引物? 已有2人參與
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1.這是我用Vector NTI 設(shè)計的引物 但是擴(kuò)不出來 然后我用oligo7對這對引物評價 這是結(jié)果 看了一下 這對引物得分很低 只有8分? 然后我想問的是 (1)這些參數(shù)我該怎么看 這些數(shù)據(jù)(絕對值)應(yīng)該是要高好 還是低好?我該如何判斷? Tm/tm: 65.7 64.9 °C (salt 155.8 mM, oligo 200.0 nM) ∆G/∆g (25 °C): -35.6 -34.3 kcal/mol ∆S/∆s: -452.6 -435.2 cal/°K * mol ∆H/∆h: -170.6 -164.1 kcal/mol 3\\\'∆G: -7.0 kcal/mol Degeneracy: 1 P.E.#: 536/536 1/E: 5.30 nmol/A260 34.0 μg/A260 (2)引物二聚體 發(fā)卡結(jié)構(gòu)等 還有什么參數(shù)在引物設(shè)計中必要著重關(guān)注的? 這些參數(shù)我該如何判斷? 2.用oligo7設(shè)計引物 效果好嗎? 好像比Vector NTI 更專業(yè)一些 因為我們實驗室的習(xí)慣是用Vector NTI 所以師兄師姐也只會用Vector NTI  我打算用oligo7再設(shè)計一遍引物 再合成一次引物 麻煩各位大佬 解答一下我的疑惑 謝謝 |
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cm14704019
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4樓2016-08-21 21:43:32
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- 專業(yè): 信息理論與信息系統(tǒng)
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感覺Vector NTI里設(shè)計的不太靠譜，它可能只考慮引物自身的Tm，不考慮和產(chǎn)物的一起，而且二級結(jié)構(gòu)和穩(wěn)定性評價可能也不做。推薦用Primer5設(shè)計，設(shè)計出來的基本上用Oligo6驗證差別大多也不會太大。 發(fā)自小木蟲IOS客戶端 |
5樓2016-08-22 02:12:56
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