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miRNA與靶基因3'UTR區(qū)的SNP結(jié)合能的預測
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最近在對miRNA與靶基因3'UTR區(qū)的SNP結(jié)合能的預測, 想了解靶基因3'UTR區(qū)SNP不同等位位點與同一miRNA結(jié)合, 其結(jié)合能的差異. 看到一篇IF=5分多的文獻, 用的是Thermodynamic model, 結(jié)果如圖,附件. 由于知識有限, 我折騰了好些天都搞不清楚, 文獻Minimum Free Energy (MFE)是怎么算的, 也不懂它的圖怎么畫出來。另外，圖二，大家知道用哪個網(wǎng)頁或者軟件得到的嗎？ 希望得到各位大神的幫助! 如果大家有更好的方法 ,也歡迎分享,謝謝!~~ 以下是圖中符號的標注 EIntermediate is the energy necessary to make the target region accessible for miRNA binding, EComplex is the energy of miRNA–target complex. The activation energy, E(a), is represented by the difference between EIntermediate and ETarget, whereas the binding energy, E(b), is the difference between EComplex and ETarget 圖1.png 圖2.png |
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2樓2016-09-22 12:03:43
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圖1是來自附件1的文獻，圖2來自附件2文獻的補充文件（附件3） |
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