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[交流]
【求助】新手請(qǐng)教分子模擬問(wèn)題 已有5人參與
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我想做氨基酸或多肽在方解石表面的動(dòng)力學(xué)模擬，用哪個(gè)軟件比較好？ 我只知道人家有用Material Studio做模擬的。 還有個(gè)問(wèn)題是：蒙特卡羅模擬到底是用什么軟件？是自己編程的嗎？ 謝謝指點(diǎn)！ [ Last edited by zdhlover on 2009-12-14 at 14:19 ] |
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gwdavid
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lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝
csfn(金幣+2,VIP+0):3q
lei0736(金幣+2,VIP+0):謝謝
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因?yàn)槲抑皇怯眠^(guò)分子動(dòng)力學(xué)模擬，這不是我的主要研究?jī)?nèi)容，因此也就并沒(méi)有比較所有這些分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件的優(yōu)劣。但是有一點(diǎn)我可以說(shuō)，其實(shí)每個(gè)分子動(dòng)力學(xué)模擬軟件的實(shí)現(xiàn)的“理論”都是一樣的，它們之間的不同很大程度上是由于采用的分子力場(chǎng)的不同。 因此我的建議是盡量去選擇合適你的研究體系的分子力場(chǎng)，比如說(shuō)像傾向于蛋白質(zhì)研究而開(kāi)發(fā)的cvff, amber力場(chǎng)等很可能就不是最適合你的研究體系的。然后再根據(jù)這個(gè)力場(chǎng)去選擇軟件，這是一種考察方式和選擇方法，僅供參考。 對(duì)于你的體系我沒(méi)有發(fā)言權(quán)，對(duì)于分子動(dòng)力學(xué)軟件比較我也沒(méi)有發(fā)言權(quán)，有賴(lài)于你自己去考察，僅希望愚見(jiàn)能對(duì)你有所幫助 |
6樓2008-11-23 13:38:18
fansw1129
鐵桿木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
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2樓2008-11-23 08:48:32
3樓2008-11-23 10:37:06
gwdavid
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gwdavid(金幣+2,VIP+0):謝謝交流！歡迎再次光臨模擬版！
lei0736(金幣+0,VIP+0):11樓有解釋 動(dòng)力學(xué)MC是含時(shí)的 MD不是萬(wàn)能的 各有所長(zhǎng)
gwdavid(金幣+2,VIP+0):謝謝交流！歡迎再次光臨模擬版！
lei0736(金幣+0,VIP+0):11樓有解釋 動(dòng)力學(xué)MC是含時(shí)的 MD不是萬(wàn)能的 各有所長(zhǎng)
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9樓2008-11-29 11:43:27
yyx19840628
木蟲(chóng) (著名寫(xiě)手)
鷹的眼睛，狼的耳朵，豹的速 ...
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10樓2008-11-29 21:03:31
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