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基因的Identity 和 Similarity 分別用什么軟件預測呢 已有1人參與
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基因的Identity 和 Similarity 怎么區(qū)別呢？ 網(wǎng)上查到 Identity 表示一致性 即序列之間完全相同的部分所占的比例 Similarity 表示相似度 即形容序列在結構上的相似程度 這個結構怎么理解呢，是密碼子偏好么 還有就是一般分別用什么軟件算呢，軟件選擇不同結果會有微弱不同，有影響么。 希望有懂得大神給說說。 |
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2樓2017-01-13 16:34:27
3樓2017-01-13 16:35:37
cyb1221
鐵蟲 (初入文壇)
- 應助: 0 (幼兒園)
- 金幣: 150.6
- 帖子: 14
- 在線: 9.9小時
- 蟲號: 2852670
- 注冊: 2013-12-03
- 性別: MM
- 專業(yè): 植物生理與生化
【答案】應助回帖
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在比較nucleotide seq時認為ATCG四個堿基出現(xiàn)機會相等，任何兩個之間相同就得一分，替換后都得零分，一個非常簡單的Substitution Matrix，這個時候identities和similarities(BLAST中就是positives)是相同的，因為用了這個簡單的Substitution Matrix后，計算方法兩者是一樣的。在比較protein seq時Substitution Matrix用的是BLOSUM，相同的氨基酸得分高，相似的氨基酸得分低，不相匹配的的零分，這個時候identities和positives的計算方法是不一樣的，所以兩者也就不一樣了。 上述文字引用自 云之南 網(wǎng)易博客 這個博客寫的很詳細，托博客的服，我今天總算是搞清楚了。希望你們也一樣。 具體內(nèi)容可參考下面的網(wǎng)址 http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420112281343311/ |
4樓2018-05-18 11:32:34
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