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基因的Identity 和 Similarity 分別用什么軟件預(yù)測(cè)呢 已有1人參與
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基因的Identity 和 Similarity 怎么區(qū)別呢？ 網(wǎng)上查到 Identity 表示一致性 即序列之間完全相同的部分所占的比例 Similarity 表示相似度 即形容序列在結(jié)構(gòu)上的相似程度 這個(gè)結(jié)構(gòu)怎么理解呢，是密碼子偏好么 還有就是一般分別用什么軟件算呢，軟件選擇不同結(jié)果會(huì)有微弱不同，有影響么。 希望有懂得大神給說(shuō)說(shuō)。 |
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2樓2017-01-13 16:34:27
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3樓2017-01-13 16:35:37
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【答案】應(yīng)助回帖
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在比較nucleotide seq時(shí)認(rèn)為ATCG四個(gè)堿基出現(xiàn)機(jī)會(huì)相等，任何兩個(gè)之間相同就得一分，替換后都得零分，一個(gè)非常簡(jiǎn)單的Substitution Matrix，這個(gè)時(shí)候identities和similarities(BLAST中就是positives)是相同的，因?yàn)橛昧诉@個(gè)簡(jiǎn)單的Substitution Matrix后，計(jì)算方法兩者是一樣的。在比較protein seq時(shí)Substitution Matrix用的是BLOSUM，相同的氨基酸得分高，相似的氨基酸得分低，不相匹配的的零分，這個(gè)時(shí)候identities和positives的計(jì)算方法是不一樣的，所以兩者也就不一樣了。 上述文字引用自 云之南 網(wǎng)易博客 這個(gè)博客寫的很詳細(xì)，托博客的服，我今天總算是搞清楚了。希望你們也一樣。 具體內(nèi)容可參考下面的網(wǎng)址 http://fhqdddddd.blog.163.com/blog/static/1869915420112281343311/ |
4樓2018-05-18 11:32:34
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