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syd89522木蟲 (小有名氣)
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[求助]
運行mmpbsa時顯示復(fù)合物prmtop文件出錯
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我計算mmpbsa的時候，總是出現(xiàn)如下錯誤： [shangyd@bioserver hc]$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o final_results_mmpbsa.dat -sp mod_wat.prmtop -cp rec-lig.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y mod_wat_md2.mdcrd Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/shangyd/amber14/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 100 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Running calculations on normal system... Beginning GB calculations with /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: symbol lookup error: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: undefined symbol: __libm_error_support File "/home/shangyd/amber14/bin/MMPBSA.py", line 104, in <module> app.run_mmpbsa() File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa self.calc_list.run(rank, self.stdout) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run self.prmtop)) CalcError: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop rec-lig.prmtop! Exiting. All files have been retained. 已經(jīng)試過了各種方法，卻始終不能正常進行運算，即使用官網(wǎng)教程中的pdb結(jié)構(gòu)來構(gòu)建prmtop，仍然會出現(xiàn)這種錯誤，但是用教程現(xiàn)成的prmtop文件來跑mmpbsa，卻能夠順利計算出結(jié)果，我就是用這個命令：rec-lig= loadpdb "hc.pdb" saveamberparm rec-lig rec-lig.prmtop rec-lig.inpcrd 來生成top文件的 在動力學(xué)之前應(yīng)該如何修改pdb文件呢？我已經(jīng)按照教程的步驟進行過pdb的前處理了：pdb4amber -i hc.pdb -o hc1.pdb 另外，除了mmpbsa.py、mmpbsa.pl以外，其他涉及到prmtop的模塊在計算過程中都沒有出現(xiàn)異常。 我用vmd跑出了一段含水的復(fù)合物軌跡，一共1000幀只顯示出267幀，請問究竟該如何解決這種top發(fā)生錯誤的問題并計算mmpbsa呢？ |
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終于知道該怎么解決上述問題了，以前我每次運行前都是把amber重裝一遍，運行就正常了，汗~現(xiàn)在是這樣： 如下命令利用加水復(fù)合物體系生成真空的配體、受體、復(fù)合物文件，并在命令后加上后綴 --: $AMBERHOME/bin/ante-MMPBSA.py -p mod_wat.prmtop -s ":WAT,Na+" -c rec-lig.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -m ":1-288" --radii=mbondi2 radii的半徑取值取決于in文件中的igb值，一般為2或5時，上述半徑值即可，其他值可在教程中查詢，有詳細說明。 在in文件中，只計算GBSA，不計算PBSA，顯然錯誤就是計算PBSA時帶來的，目前結(jié)合自由能和熵都已運行完畢，親測有效！ |
6樓2020-05-28 10:08:25
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9樓2020-10-03 19:55:12
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10樓2020-10-03 19:57:08
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