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syd89522木蟲 (小有名氣)
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[求助]
運(yùn)行mmpbsa時(shí)顯示復(fù)合物prmtop文件出錯(cuò)
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我計(jì)算mmpbsa的時(shí)候，總是出現(xiàn)如下錯(cuò)誤： [shangyd@bioserver hc]$ $AMBERHOME/bin/MMPBSA.py -O -i mmpbsa.in -o final_results_mmpbsa.dat -sp mod_wat.prmtop -cp rec-lig.prmtop -rp rec.prmtop -lp lig.prmtop -y mod_wat_md2.mdcrd Loading and checking parameter files for compatibility... mmpbsa_py_energy found! Using /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy cpptraj found! Using /home/shangyd/amber14/bin/cpptraj Preparing trajectories for simulation... 100 frames were processed by cpptraj for use in calculation. Running calculations on normal system... Beginning GB calculations with /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy calculating complex contribution... /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: symbol lookup error: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy: undefined symbol: __libm_error_support File "/home/shangyd/amber14/bin/MMPBSA.py", line 104, in <module> app.run_mmpbsa() File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/main.py", line 218, in run_mmpbsa self.calc_list.run(rank, self.stdout) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 82, in run calc.run(rank, stdout=stdout, stderr=stderr) File "/home/shangyd/amber14/lib/python2.7/site-packages/MMPBSA_mods/calculation.py", line 157, in run self.prmtop)) CalcError: /home/shangyd/amber14/bin/mmpbsa_py_energy failed with prmtop rec-lig.prmtop! Exiting. All files have been retained. 已經(jīng)試過了各種方法，卻始終不能正常進(jìn)行運(yùn)算，即使用官網(wǎng)教程中的pdb結(jié)構(gòu)來構(gòu)建prmtop，仍然會(huì)出現(xiàn)這種錯(cuò)誤，但是用教程現(xiàn)成的prmtop文件來跑mmpbsa，卻能夠順利計(jì)算出結(jié)果，我就是用這個(gè)命令：rec-lig= loadpdb "hc.pdb" saveamberparm rec-lig rec-lig.prmtop rec-lig.inpcrd 來生成top文件的 在動(dòng)力學(xué)之前應(yīng)該如何修改pdb文件呢？我已經(jīng)按照教程的步驟進(jìn)行過pdb的前處理了：pdb4amber -i hc.pdb -o hc1.pdb 另外，除了mmpbsa.py、mmpbsa.pl以外，其他涉及到prmtop的模塊在計(jì)算過程中都沒有出現(xiàn)異常。 我用vmd跑出了一段含水的復(fù)合物軌跡，一共1000幀只顯示出267幀，請(qǐng)問究竟該如何解決這種top發(fā)生錯(cuò)誤的問題并計(jì)算mmpbsa呢？ |
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2樓2017-03-14 16:52:07
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5樓2020-05-25 14:44:28
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終于知道該怎么解決上述問題了，以前我每次運(yùn)行前都是把a(bǔ)mber重裝一遍，運(yùn)行就正常了，汗~現(xiàn)在是這樣： 如下命令利用加水復(fù)合物體系生成真空的配體、受體、復(fù)合物文件，并在命令后加上后綴 --: $AMBERHOME/bin/ante-MMPBSA.py -p mod_wat.prmtop -s ":WAT,Na+" -c rec-lig.prmtop -r rec.prmtop -l lig.prmtop -m ":1-288" --radii=mbondi2 radii的半徑取值取決于in文件中的igb值，一般為2或5時(shí)，上述半徑值即可，其他值可在教程中查詢，有詳細(xì)說明。 在in文件中，只計(jì)算GBSA，不計(jì)算PBSA，顯然錯(cuò)誤就是計(jì)算PBSA時(shí)帶來的，目前結(jié)合自由能和熵都已運(yùn)行完畢，親測有效！ |
6樓2020-05-28 10:08:25
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10樓2020-10-03 19:57:08
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