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[求助]
GPU跑NAMD出錯(cuò)求幫助 已有3人參與
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我用TESLA K20 在本地服務(wù)器跑NAMD，為什么沒多線程同時(shí)跑，并且最關(guān)鍵的是動(dòng)力學(xué)跑一會(huì)就自動(dòng)退出了，報(bào)錯(cuò)如下： FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html ------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------ Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html Charm++ fatal error: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1525] [8:1] [0x5b06c8] [8:2] [0xaf9842] [8:3] [0x12d6acd] [8:4] [0x12cac02] [8:5] [0x12c125a] [8:6] [0x12be773] [8:7] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:8] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] [8] Stack Traceback: [8:0] [0x12c1c05] [8:1] [0x12c14de] [8:2] [0x12c1525] [8:3] [0x5b06c8] [8:4] [0xaf9842] [8:5] [0x12d6acd] [8:6] [0x12cac02] [8:7] [0x12c125a] [8:8] [0x12be773] [8:9] +0x8182 [0x7fde2bb58182] [8:10] clone+0x6d [0x7fde2ac5900d] 有哪位大神遇到過這種情況么？跪求指導(dǎo)。。。。。 |
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【答案】應(yīng)助回帖
感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1
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1.不清楚你的運(yùn)行命令。 2.不清楚你的體系是啥。 想得到幫助，先講清楚問題 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-01-02 23:39:24
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我的體系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &試過了 nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10 +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也試過了，都是這個(gè)錯(cuò)誤，而且不管是平衡還是能量最小化都出錯(cuò)，估計(jì)是GPU的問題，只用CPU跑就沒問題 |
3樓2017-01-03 18:31:43
lyl453433939
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4樓2017-01-12 16:59:36
5樓2017-01-13 09:18:06
6樓2017-01-13 15:55:03
7樓2017-01-13 15:58:20
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8樓2017-01-13 16:29:07
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