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北京石油化工學(xué)院2026年研究生招生接收調(diào)劑公告

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[求助] GPU跑NAMD出錯(cuò)求幫助已有3人參與

我用TESLA K20 在本地服務(wù)器跑NAMD，為什么沒(méi)多線程同時(shí)跑，并且最關(guān)鍵的是動(dòng)力學(xué)跑一會(huì)就自動(dòng)退出了，報(bào)錯(cuò)如下：
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html
------------- Processor 8 Exiting: Called CmiAbort ------------
Reason: FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

Charm++ fatal error:
FATAL ERROR: CudaComputeNonbonded::forceDoneCheck, check count exceeded
FATAL ERROR: See http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/bugreport.html

[8] Stack Traceback:
  [8:0] [0x12c1525]
  [8:1] [0x5b06c8]
  [8:2] [0xaf9842]
  [8:3] [0x12d6acd]
  [8:4] [0x12cac02]
  [8:5] [0x12c125a]
  [8:6] [0x12be773]
  [8:7] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:8] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
[8] Stack Traceback:
  [8:0] [0x12c1c05]
  [8:1] [0x12c14de]
  [8:2] [0x12c1525]
  [8:3] [0x5b06c8]
  [8:4] [0xaf9842]
  [8:5] [0x12d6acd]
  [8:6] [0x12cac02]
  [8:7] [0x12c125a]
  [8:8] [0x12be773]
  [8:9] +0x8182  [0x7fde2bb58182]
  [8:10] clone+0x6d  [0x7fde2ac5900d]
有哪位大神遇到過(guò)這種情況么？跪求指導(dǎo)。。。。。

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1樓 2017-01-02 13:32:18

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wbf3ng

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【答案】應(yīng)助回帖

感謝參與，應(yīng)助指數(shù) +1

1.不清楚你的運(yùn)行命令。
2.不清楚你的體系是啥。
想得到幫助，先講清楚問(wèn)題

發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端

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2樓2017-01-02 23:39:24

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引用回帖:

2樓: Originally posted by wbf3ng at 2017-01-02 23:39:24
1.不清楚你的運(yùn)行命令。
2.不清楚你的體系是啥。
想得到幫助，先講清楚問(wèn)題

我的體系是膜蛋白，命令是nohup /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/charmrun ++local +p10 /usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +idlepoll +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &試過(guò)了
nohup 、usr/local/NAMD_2.12_Linux-x86_64-multicore-CUDA/namd2 +p10 +devices 0 eqm1.conf > eqm1.log &也試過(guò)了，都是這個(gè)錯(cuò)誤，而且不管是平衡還是能量最小化都出錯(cuò)，估計(jì)是GPU的問(wèn)題，只用CPU跑就沒(méi)問(wèn)題

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3樓2017-01-03 18:31:43

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lyl453433939

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【答案】應(yīng)助回帖

首先查看是否GPU CUDA驅(qū)動(dòng)和顯卡驅(qū)動(dòng)是否安裝正確
輸入 nvidia-smi -a 和 nvcc -v 是否正常顯示內(nèi)容，然后檢查GPU運(yùn)算時(shí)，指定GPU計(jì)算的語(yǔ)句是否正確，如有限定條件先刪掉再一一加上，避免物理硬件不同導(dǎo)致的錯(cuò)誤。

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4樓2017-01-12 16:59:36

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amaxzhou

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【答案】應(yīng)助回帖

可以換GPU了，K80對(duì)NAMD提速更快

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5樓2017-01-13 09:18:06

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5樓: Originally posted by amaxzhou at 2017-01-13 09:18:06
可以換GPU了，K80對(duì)NAMD提速更快

小實(shí)驗(yàn)室，沒(méi)錢啊

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6樓2017-01-13 15:55:03

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4樓: Originally posted by lyl453433939 at 2017-01-12 16:59:36
首先查看是否GPU CUDA驅(qū)動(dòng)和顯卡驅(qū)動(dòng)是否安裝正確
輸入 nvidia-smi -a 和 nvcc -v 是否正常顯示內(nèi)容，然后檢查GPU運(yùn)算時(shí)，指定GPU計(jì)算的語(yǔ)句是否正確，如有限定條件先刪掉再一一加上，避免物理硬件不同導(dǎo)致的錯(cuò)誤 ...

nvidia-smi沒(méi)問(wèn)題，nvcc -v顯示找不到命令，我又發(fā)現(xiàn)動(dòng)力學(xué)停止的時(shí)候nvidia-smi顯示找不到K20這塊卡，然后再輸nvidia-smi就死機(jī)了

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7樓2017-01-13 15:58:20

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引用回帖:

7樓: Originally posted by 125442548 at 2017-01-13 15:58:20
nvidia-smi沒(méi)問(wèn)題，nvcc -v顯示找不到命令，我又發(fā)現(xiàn)動(dòng)力學(xué)停止的時(shí)候nvidia-smi顯示找不到K20這塊卡，然后再輸nvidia-smi就死機(jī)了...

說(shuō)明顯卡驅(qū)動(dòng)沒(méi)有正確安裝成功，或者顯卡沒(méi)有安裝成功，先檢查下硬件吧，祝好！

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8樓2017-01-13 16:29:07

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