 |
 |
 |
 |
 |
 |
||
 |
 |
 |
 |
 |
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 查看: 998 | 回復(fù): 1 | ||
[求助]
NAMD，完全一樣的conf文件，但結(jié)果差異顯著
|
|
HELP！ 如圖所示，用NAMD，在三個(gè)溫度下（不同顏色），分別跑了5次，但是組內(nèi)差異甚至超過了組間差異。 一模一樣的模擬，跑出來的結(jié)果為什么會(huì)差異這么大呢？ 力場不合適嗎？但換成了36，并且用同一個(gè)能量最小化的結(jié)構(gòu)作為初始結(jié)構(gòu)，也是類似的結(jié)果。 萬分感謝！ ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of # X in a Water Box # 2017-02-18 ############################################################# ## SELF-DEFINED VARIABLE ## ############################################################# set STRUCT X_wb_10 set LAST_RUN X_wb set THIS_RUN X_md1_45_1 set FTS 0 ;# firsttimestep set TEMP 318 ; # temperature set NMD 2500000 ;# 5ns ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/$STRUCT.psf coordinates ../common/$STRUCT.pdb firsttimestep $FTS ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# ## Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $TEMP ## Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 ;# cutoff - 2.0 pairlistdist 14.0 ;# cutoff + 2.0 ## Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 ## Constant Temperature Control tCouple on tCoupleTemp $TEMP ## Periodic Boundary Conditions (PBC) cellBasisVector1 71.44 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 62.92 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 79.15 cellOrigin 24.71 15.60 6.49 wrapAll on ## PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # manual grid definition # PMEGridSizeX 65 # PMEGridSizeY 54 # PMEGridSizeZ 70 ## Constant Pressure Control (variable volume) langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 500.0 langevinPistonDecay 250.0 langevinPistonTemp $TEMP useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no ## Output outputName $THIS_RUN restartfreq 5000 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 2500 xstFreq 2500 outputEnergies 2500 outputPressure 2500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 50000 reinitvels $TEMP run $NMD 捕獲.PNG |
回復(fù)此樓» 猜你喜歡
085600材料與化工
已經(jīng)有6人回復(fù)
-
281求調(diào)劑（0805）
已經(jīng)有24人回復(fù)
-
265求調(diào)劑
已經(jīng)有8人回復(fù)
-
0817 化學(xué)工程 299分求調(diào)劑 有科研經(jīng)歷 有二區(qū)文章
已經(jīng)有21人回復(fù)
-
295材料求調(diào)劑，一志愿武漢理工085601專碩
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
0856調(diào)劑，是學(xué)校就去
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
298-一志愿中國農(nóng)業(yè)大學(xué)-求調(diào)劑
已經(jīng)有9人回復(fù)
-
求調(diào)劑
已經(jīng)有4人回復(fù)
-
學(xué)校已經(jīng)提交到NSFC，還能修改嗎？
已經(jīng)有7人回復(fù)
-
材料學(xué)碩297已過四六級求調(diào)劑推薦
已經(jīng)有6人回復(fù)
hclwonder
新蟲 (正式寫手)
- 應(yīng)助: 9 (幼兒園)
- 金幣: 2564.1
- 紅花: 28
- 帖子: 371
- 在線: 68.2小時(shí)
- 蟲號(hào): 2837657
- 注冊: 2013-11-30
- 性別: GG
- 專業(yè): 藥物設(shè)計(jì)與藥物信息
|
分子動(dòng)力學(xué)每次的結(jié)果是會(huì)不一樣的，這點(diǎn)跟做實(shí)驗(yàn)一樣。但組內(nèi)差異大于組間差異，這可能需要再調(diào)整一下參數(shù)？ 發(fā)自小木蟲Android客戶端 |
2樓2017-03-23 11:13:41
相關(guān)版塊跳轉(zhuǎn)
我要訂閱樓主 可樂白面包 的主題更新
| 2 | 1/1 | 返回列表 |
| 最具人氣熱帖推薦 [查看全部] | 作者 | 回/看 | 最后發(fā)表 | |
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 求調(diào)劑 +4 | Mqqqqqq 2026-03-19 | 4/200 |
|
|---|---|---|---|---|
|
[考研] 274求調(diào)劑 +8 | S.H1 2026-03-18 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交通 專碩 材料355 本科雙非 求調(diào)劑 +4 | 西南交通專材355 2026-03-19 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 286分人工智能專業(yè)請求調(diào)劑愿意跨考！ +3 | lemonzzn 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿 南京航空航天大學(xué)大學(xué) ，080500材料科學(xué)與工程學(xué)碩 +4 | @taotao 2026-03-20 | 4/200 |
|
|
|
[論文投稿]
申請回稿延期一個(gè)月，編輯同意了。但系統(tǒng)上的時(shí)間沒變，給編輯又寫郵件了，沒回復(fù)
 10+3
|
wangf9518 2026-03-17 | 4/200 |
|
|
|
[考博] 申博26年 +3 | 八6八68 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿西安交通大學(xué)材料工程專業(yè) 282分求調(diào)劑 +5 | 楓橋ZL 2026-03-18 | 7/350 |
|
|
|
[考研] 一志愿 西北大學(xué) ，070300化學(xué)學(xué)碩，總分287，雙非一本，求調(diào)劑。 +3 | 晨昏線與星海 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 085600材料與化工求調(diào)劑 +6 | 緒幸與子 2026-03-17 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 材料考研調(diào)劑 +3 | xwt。 2026-03-19 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 304求調(diào)劑 +6 | 司空. 2026-03-18 | 6/300 |
|
|
|
[考研] 一志愿華中科技大學(xué)，080502，354分求調(diào)劑 +4 | 守候夕陽CF 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 311求調(diào)劑 +4 | 冬十三 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 一志愿西南交大，求調(diào)劑 +4 | 材化逐夢人 2026-03-18 | 4/200 |
|
|
|
[考研] 299求調(diào)劑 +5 | △小透明* 2026-03-17 | 5/250 |
|
|
|
[考研] 301求調(diào)劑 +9 | yy要上岸呀 2026-03-17 | 9/450 |
|
|
|
[考博] 26博士申請 +3 | 1042136743 2026-03-17 | 3/150 |
|
|
|
[考研] 一志愿蘇州大學(xué)材料工程（085601）專碩有科研經(jīng)歷三項(xiàng)國獎(jiǎng)兩個(gè)實(shí)用型專利一項(xiàng)省級立項(xiàng) +6 | 大火山小火山 2026-03-16 | 8/400 |
|
|
|
[考研] 復(fù)試調(diào)劑 +3 | 呼呼？~+123456 2026-03-14 | 3/150 |
|