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[求助]
NAMD，完全一樣的conf文件，但結(jié)果差異顯著
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HELP！ 如圖所示，用NAMD，在三個(gè)溫度下（不同顏色），分別跑了5次，但是組內(nèi)差異甚至超過(guò)了組間差異。 一模一樣的模擬，跑出來(lái)的結(jié)果為什么會(huì)差異這么大呢？ 力場(chǎng)不合適嗎？但換成了36，并且用同一個(gè)能量最小化的結(jié)構(gòu)作為初始結(jié)構(gòu)，也是類(lèi)似的結(jié)果。 萬(wàn)分感謝！ ############################################################# ## JOB DESCRIPTION ## ############################################################# # NAMD Configuration for Equilibration (NPT) of # X in a Water Box # 2017-02-18 ############################################################# ## SELF-DEFINED VARIABLE ## ############################################################# set STRUCT X_wb_10 set LAST_RUN X_wb set THIS_RUN X_md1_45_1 set FTS 0 ;# firsttimestep set TEMP 318 ; # temperature set NMD 2500000 ;# 5ns ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS ## ############################################################# structure ../common/$STRUCT.psf coordinates ../common/$STRUCT.pdb firsttimestep $FTS ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS ## ############################################################# ## Input paraTypeCharmm on parameters ../common/par_all27_prot_lipid.inp temperature $TEMP ## Force-Field Parameters exclude scaled1-4 1-4scaling 1.0 cutoff 12.0 switching on switchdist 10.0 ;# cutoff - 2.0 pairlistdist 14.0 ;# cutoff + 2.0 ## Integrator Parameters timestep 2.0 ;# 2fs/step rigidBonds all ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq 1 fullElectFrequency 2 stepspercycle 10 ## Constant Temperature Control tCouple on tCoupleTemp $TEMP ## Periodic Boundary Conditions (PBC) cellBasisVector1 71.44 0.0 0.0 cellBasisVector2 0.0 62.92 0.0 cellBasisVector3 0.0 0.0 79.15 cellOrigin 24.71 15.60 6.49 wrapAll on ## PME (for full-system periodic electrostatics) PME yes PMEGridSpacing 1.0 # manual grid definition # PMEGridSizeX 65 # PMEGridSizeY 54 # PMEGridSizeZ 70 ## Constant Pressure Control (variable volume) langevinPiston on langevinPistonTarget 1.01325 ;# in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod 500.0 langevinPistonDecay 250.0 langevinPistonTemp $TEMP useGroupPressure yes ;# needed for rigidBonds useFlexibleCell no useConstantArea no ## Output outputName $THIS_RUN restartfreq 5000 ;# 2500steps = every 5ps dcdfreq 2500 xstFreq 2500 outputEnergies 2500 outputPressure 2500 ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS ## ############################################################# ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT ## ############################################################# # Minimization minimize 50000 reinitvels $TEMP run $NMD 捕獲.PNG |
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分子動(dòng)力學(xué)每次的結(jié)果是會(huì)不一樣的，這點(diǎn)跟做實(shí)驗(yàn)一樣。但組內(nèi)差異大于組間差異，這可能需要再調(diào)整一下參數(shù)？ 發(fā)自小木蟲(chóng)Android客戶端 |
2樓2017-03-23 11:13:41
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