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實(shí)驗(yàn)用木蟲新蟲 (初入文壇)
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[求助]
RepeatMasker能不能對(duì)輸出結(jié)果做一些篩選
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| 現(xiàn)在我自己按照RepeatMasker的要求，建了一個(gè)很小的重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫(kù)，用-lib參數(shù)選它就可以成功從基因組里邊找出來(lái)這個(gè)數(shù)據(jù)庫(kù)里的序列。但是找出來(lái)的結(jié)果，比如說(shuō)我自己的數(shù)據(jù)庫(kù)里某條序列長(zhǎng)度是800bp，但是找出來(lái)能跟這條序列對(duì)上的，從80bp到800bp都有，想知道哪個(gè)參數(shù)可以設(shè)置一下這個(gè)長(zhǎng)度，比如說(shuō)只會(huì)找出來(lái)長(zhǎng)度大于600bp（參考序列長(zhǎng)度75%）的序列？看到有個(gè)-div參數(shù)，但是很奇怪，用-div 90這個(gè)參數(shù)跑了一遍后跟沒(méi)有設(shè)置這個(gè)參數(shù)的結(jié)果是一樣的。 |
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發(fā)瘋的腳趾頭
新蟲 (初入文壇)
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- 注冊(cè): 2016-03-06
- 專業(yè): 植物病理學(xué)
2樓2018-01-23 10:06:37
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