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實驗用木蟲

新蟲 (初入文壇)

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[求助] RepeatMasker能不能對輸出結(jié)果做一些篩選

現(xiàn)在我自己按照RepeatMasker的要求，建了一個很小的重復(fù)序列數(shù)據(jù)庫，用-lib參數(shù)選它就可以成功從基因組里邊找出來這個數(shù)據(jù)庫里的序列。但是找出來的結(jié)果，比如說我自己的數(shù)據(jù)庫里某條序列長度是800bp，但是找出來能跟這條序列對上的，從80bp到800bp都有，想知道哪個參數(shù)可以設(shè)置一下這個長度，比如說只會找出來長度大于600bp（參考序列長度75%）的序列？看到有個-div參數(shù)，但是很奇怪，用-div 90這個參數(shù)跑了一遍后跟沒有設(shè)置這個參數(shù)的結(jié)果是一樣的。

回復(fù)此樓

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1樓 2017-04-09 17:09:51

已閱回復(fù)此樓關(guān)注TA 給TA發(fā)消息送TA紅花 TA的回帖

發(fā)瘋的腳趾頭

新蟲 (初入文壇)

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專業(yè): 植物病理學(xué)

你好，我想請問repeatmasker的結(jié)果怎么看，query sequence怎么會有很多重復(fù)的？

贊一下

回復(fù)此樓

2樓2018-01-23 10:06:37